Aagesen fue nombrado organista de Vor Frue Kirke (ahora la catedral) en Copenhague el 23 de junio de 1593, después de haber ‘seguido y aprendido su arte durante un periodo largo tanto en Alemania como en Italia'. Recibió varios beneficios, como la residencia gratis anteriormente destinada al predicador del palacio, otorgado a él en 1603. También fue por lo menos en dos ocasiones enviado en comisiones por el rey dinamarqués Christian IV, una vez a Praga en 1600.

Edición discográfica con una obra de Truid Aagesen

Su única música publicada conocida es una colección de “Cantiones seculares” para tres voces que se publicaron en Hamburgo en 1608 bajo su nombre latinizado, Theodoricus Sistinus. También era conocido bajo el nombre de Trudo Haggaei Malmogiensis. La publicación está dedicada al Rey Christian IV de Dinamarca, y puede asumirse que ganó su aprobación, pues recibió pagos de la tesorería real además de su sueldo como organista, quizás por enseñar en la corte, durante el periodo 1609–11. Una "Missa Baci amorosi" para cinco voces suya sobrevive en manuscrito.

Ya en 1604 era sospechoso de estar ‘en la nómina del papa' y parece no haber hecho ningún esfuerzo por ocultar su catolicismo, durante unos años más tarde la asociación con él se usó como evidencia en una acusación de ‘Jesuitismo' contra un estudiante llamado Udby.

En 1611 perdió su subsidio real y en 1613, después de la publicación de la carta del rey declarando que los hombres de la religión papista deberían salir de Dinamarca, su posición se puso insostenible. El 15 de septiembre de 1613, la cuestión se planteó en el cuerpo gobernante de la Universidad de Copenhague, por quienes estaba administrada la Vor Frue Kirke, para determinar si al organista, que era conocido públicamente como inclinado al papismo, debería permitírsele continuar como organista. La decisión fue en contra suya y fue inmediatamente informado de su despido. Parece, sin embargo, haber recibido su sueldo hasta la sanmiguelada de 1615, cuando su sucesor Johan Meincke (o Meineken) asumió el cargo, y dos semanas después (14 octubre) recibió un testimonio positivo de la universidad. Su paradero no es conocido inmediatamente después de esto, pero en 1625 estaba viviendo en Danzig (ahora Gdansk) con su esposa y niños.