Perteneciente a una familia entre cuyos antepasados estaba el rey Arduino, era hijo de Giulio Cesare San Martino d'Aglié, primer marqués de San Germano y exponente de una de las más antiguas familias de la nobleza piamontesa, y de Ottavia Gentile, hija de Olderico Gentile, un gentilhombre de la República de Génova. Se dedicó inicialmente a la carrera de las armas, distinguiéndose en la guerra contra Génova, en el Monferrato y en el asedio de Verrua (1625); una juventud disoluta y un duelo que salió mal, convencieron a su padre de enviarlo a Roma, al servicio del cardenal Maurizio de Saboya, hermano del duque Vittorio Amedeo I. Y su estancia en Roma abrió al bello Filippo su mundo real: el arte, la cultura, la literatura, el refinamiento, las conversaciones educadas de las Academias. Primero como paje y caballero de cámara de Maurizio después, Filippo se hizo cargo de sus fiestas. Y el joven Filippo podía sorprender a los invitados de las refinadas reuniones del cardenal con inventos siempre nuevos, con coreografías alegóricas, con versos especialmente escritos por él. Algunos de sus títulos más famosos, "Il Tabacco" e "Il Gridelino", se vuelven a proponer ocasionalmente hoy.

Duquesa Cristina de Saboya, retratada por Nicolas Mignard

De vuelta en Turín, en el séquito de Maurizio, Filippo habría seguido siendo un militar aristocrático al servicio del duque de Saboya, si en el año 1630, en Cherasco, no hubiese conocido a la mujer que cambiaría su vida: Cristina de Francia, duquesa de Saboya por el matrimonio con Vittorio Amedeo I. Cristina tenía 24 años, era rubia y hermosa, se había casado de 13 años, era poco querida por sus súbditos, por el estilo de vida demasiado francés, aficionada a las fiestas y a la suntuosidad, por el esnobismo con que trataba su Ducado, que no consideraba a la altura de sus aspiraciones como hija del Rey de Francia (durante toda su vida usó el título de Reina de Chipre, que no tenía mucho valor, aparte del de reina). El encuentro entre Cristina y Filippo fue fatal para ambos. Ella se sorprendió de su encanto y en una carta lo describió como 'un caballero hermoso y espiritual, la cabeza perfectamente hermosa, el tamaño fuerte y agradable, el aire de un niño de 18 años'. Él se ligó a ella por toda la vida, convirtiéndose en su amante, su consejero político más leal y confiable, el animador de su vida privada, con fiestas diseñadas específicamente para su entretenimiento, dispuestas a sorprenderla y hacerla protagonista, como a ella le gustaba. "Filippo no deseaba nada, sino proteger y amar a Cristina sería el fin de su vida. El noble de veintiséis años renunció a la brillante carrera militar, a un posible y sin duda ventajoso matrimonio y permanecerá al lado de Cristina, al principio discretamente, luego, después de la muerte del duque Vittorio Amedeo, abiertamente. Desafiará la intolerancia de los cortesanos y la ira de Richelieu para mantener la fe en su promesa de amor. 

En 1637, cuando Vittorio Amedeo I murió misteriosamente después de una cena, y se sospechaba de su envenenamiento, muchos se volvieron a mirar a Cristina y Filippo, a partir de entonces libres para vivir su relación. Tan libres que solo un año después de la muerte del duque, se susurró que se habían casado en secreto. Después de la muerte de Vittorio Amedeo I el ducado de Saboya vivió años convulsos, con la guerra civil entre madamistas, partidarios de Cristina, convertida en regente y Madama Real, y de su política pro-francesa, y los principistes, los partidarios de los principes Tommaso y Maurizio, que temían la influencia francesa y preferían un acercamiento con España.

Palacio ducal de Savoya, Turín

Durante la guerra hubo episodios dramáticos, como la fuga de Cristina de la Ciudadela, organizada rápidamente por Filippo, para evitar que la Regente cayera en las manos de Tommaso, que llegó a Turín para acusarla de traición. Como la reunión de Cristina y Filippo con Luis XIII, en Grenoble, durante la cual ella, sostenida y consolada por el amante, se negó a ceder al hermano del rey el Ducado y el control sobre el pequeño heredero de la corona. O como la detención de Filippo, en la víspera del Año Nuevo de 1640, demasiado cercano de Madama Reale y demasiado peligroso para los intereses franceses, al defender la independencia del Ducado. Durante dos años, Filippo vivió como prisionero de lujo en el castillo de Vincennes, cerca de París. Sobre su melancólico cautiverio hay un hermoso libro, "Il fiore del lino" de Giusi Audiberti, que se mueve en múltiples planos de tiempo para describir la figura de este hombre culto y refinado, hábil político y coreógrafo, que tuvo una única pasión: Cristina de Francia. Al saber la noticia del arresto del amado, Cristina se desmayó, canceló todas las fiestas y tuvo un solo empeño: llevar a Filippo a Turín. Sin embargo, sus cartas y sus súplicas no convencieron a su hermano, Luis XIII: Filippo regresó a casa sólo a la muerte del cardenal Richelieu.

En los años de la Regencia de Cristina, Turín no solo fue la capital de un estado en guerra constante entre Francia y España. Fue un cruce de caminos de artistas y de talentos, que, llamados a la corte por Cristina y, bajo la dirección de Filippo, nombrado Gran Maestro de las Fábricas y Superintendente de las Finanzas, la embellecieron y dieron la apariencia de capital europea. El mismo conde se preocupó de embellecer y enriquecer las propiedades de la familia y los feudos que Cristina le donaba regularmente, empezando por el Castillo de Agliè, al que estuvo ligado de por vida y que transformó en la elegante residencia que se puede visitar incluso hoy. Salvo su estancia obligada en París desde 1640 a 1644 sus deberes oficiales lo mantuvieron en la corte de Saboya donde escribió o concibió más de 30 ballets, obras musicales, festivales de agua y carruseles para celebrar alianzas políticas significativas y cumpleaños de Cristina.

Su primera obra, "Bacco trionfante dell´India e caccia pastorale", data de 1624, su última, "La perla peregrina", de 1660. Variedad, inventiva y espectáculo caracterizan todas las obras de d´Aglié, que también incluyen alusiones elegantes e ingeniosas a personalidades de la corte ("Il Gridelino", 1652) o a gustos específicos ("Il tabacco", 1650) así como el uso de temas mitológicos para alabar logros políticos ("Hercole expugnator", 1635). Extendiendo enormemente el papel de la coreografía, parece haber sido influenciado por la práctica francesa y así puede compararse con Isaac de Benserade. También proporcionó más oportunidades para el desarrollo musical. En obras como "L´educatione d´Achille" (1650) los solos alternan con dúos y coros masivos. Aunque son raros los roles vocales solos prolongados, frecuentemente se usaron conjuntos de instrumentos y voces para efectos melodramáticos, y se les dio a veces interesantes papeles representativos (como en la disputa musical y coreográfica que acompaña la entrada del Rey Tugine en "La perla peregrina", 1660). D´Aglié compuso alguna de la música él  mismo.

Cristina murió en 1663, Felipe sobrevivió cuatro años, durante los cuales Carlos Manuel II lo obligó a retirarse a la vida privada. Fue enterrado, a petición suya, en el jardín del convento de Monte dei Cappuccini. Dicen que su fantasma aparece de vez en cuando en el Monte dei Cappuccini.