Volvió a Portugal en 1726, donde se hizo organista de la Capilla Real y Patriarcal. En 1728 se interpretó la primera de sus serenatas, "Il trionfo della virtù", en Lisboa en el palacio del cardenal João da Mota e Silva.

Introdujo la ópera en Portugal al representar en 1733 en el palacio real de Lisboa “La Pazienza di Socrate” (sólo se conserva el 3º acto), primera ópera, que se sepa, escrita por un compositor portugués. Luego vino  “La Finta Pazza” (representada en 1735, perdida) y “La Spinalba” (representada en 1739), única de sus óperas que se conoce entera. Estas obras están influenciadas por el italianismo, pero además de su importancia histórica tienen ingenio y frescura. Otra obra importante suya es “La Spinalba ovvero il Vecchio matto”.

Considerado en su país uno de los mejores autores de música del siglo XVIII y el mejor de la primera mitad del mismo.

Un diarista contemporáneo afirma que Almeida compuso la música para las actuaciones populares de presépios (escenas del Nacimiento) en el barrio de Mouraria de Lisboa. Probablemente murió en el terremoto de Lisboa de 1755.

Francisco Antonio de Almeida fue principalmente un compositor de género vocal. Sus obras incluyen óperas, oratorios, misas, motetes y serenatas.
Almeida fue capaz de capturar el sentimiento de las líneas históricas en armónicos nota-por-nota sin abandonar el valor de las líneas independientes, incluso en los registros superiores. La orquestación para él incluye principalmente oboes, cuerdas y cornos.