La primera referencia a Bates es de John Playford que, en su "Musicall Banquet" (1651), lo menciona entre los ‘excellent and able Masters' de la voz y la viola en Londres.

Bates sirvió probablemente la causa realista durante la Guerra Civil: como ‘Captain' Bates  solicitó sin éxito un lugar entre los vicarios corales en la catedral de St Paul cuando el coro se reconstituyó en 1660-61, declarando que había estado anteriormente en el coro de St John´s College, Oxford.  Fue juramentado como uno de los músicos de Charles II el 19 de junio de 1660, recibiendo dos puestos; uno era como intérprete de viola y el otro como maestro de los niños reales, con sueldos de £40 y £50 anuales respectivamente.

Bates también sirvió como intérprete de viola baja en la Capilla Real; un decreto fechado el 30 de agosto de 1662 le ordenaba asistir en domingos y días de fiesta religiosos. A pesar de este ingreso potencial, los pagos fueron distanciados y los archivos muestran que Bates enfrentó incesantes dificultades financieras. Fue admitido como vicario laico en la Abadía de Westminster el 23 de junio de 1666, sirviendo al parecer hasta su muerte.

Poco antes de febrero de 1674 se casó con una viuda, Abigail Hudgebut, quizás la madre del editor John Hudgebut. Vivieron en la parroquia de St Margaret, Westminster. Bates fue enterrado en la abadía de Westminster. 

John Playford incluyó dos ayres, tres corants, tres zarabandas, un almain y dos gigas de Bates en "Musick’s Recreation on the Viol, Lyra-way" (1669). Existe un manuscrito que contiene una zarabanda (atribuida en otra parte a Simon Ives) y una corant de ‘John Bates'. Todas estas piezas están en tablatura. .