No hay certeza acerca del lugar de su nacimiento. Según Curicke la inscripción en su tumba en St Catherine, Danzig, declara que nació en Sonneberg, pero él declaraba que procedía de Gotha: lo hace en su publicación de 1651, que dedicó a Georg Neumark, nacido en Langensalza, cerca de Gotha, y a quien llama su 'amigo y compatriota'.

Edición discográfica con una obra de Crato Bütner

Desde 1650 fue organista de San Salvador, en las afueras de Danzig. Pronto llegó a ser Kantor y director de música en St Catherine; según Rauschning fue nombrado en 1652, aunque él todavía se describía como organista de San Salvador en publicaciones hasta 1654. Se le pidió que enseñara en escuelas en ambas parroquias, y como director de música de St Catherine podría contar en los servicios con un promedio de ocho instrumentistas y seis cantantes. Fue gracias a su dirección que la iglesia debió su posición prominente en la vida musical de Danzig. 

Como evidencia de las actividades de Bütner y del extenso y variado cultivo de música en el Danzig de su día se permitieron el lujo de una colección de música impresa (anteriormente en PL-GD, perdió desde 1945), consistente en unas 150 piezas, instrumentales y vocales, de compositores italianos, polacos y alemanes e incluyendo más de 50 obras sacras vocales del propio Bütner.

Sus numerosas obras supervivientes son muy variadas tanto en sus formas como en los conjuntos musicales para las que están escritas, algunos de los últimos siendo importantes. La mayoría de ellas son composiciones luteranas sobre textos alemanes que introdujeron el concierto sacro en Danzig. Tomó muchos de sus textos de la Biblia y particularmente de los Salmos; también puso música a poemas sagrados, aunque los dos tipos nunca se encuentran en la misma obra. El estilo de su música, aun cuando es un poco inexpresivo, era algo bastante nuevo en Danzig, y la particular tradición de Danzig de arreglos corales también puede remontarse a él.