Edición discográfica con una obra de Manuel Cardoso

Asistió al Colégio dos Moços do Coro, escuela asociada a la catedral de Évora, donde estudió con Manuel Mendes y Cosme Delgado. En 1588 ingresó a la orden de los Carmelitas, tomando sus votos en 1589. A principios de la década de 1620, fue residente en la sede ducal de Vila Viçosa, donde ganó la amistad del duque de Barcelos, quien luego sería coronado Juan IV de Portugal. Durante la mayor parte de su carrera fue compositor y organista residente del convento Carnelita de Carmo, en Lisboa.

La obra de Cardoso tomó como modelo las composiciones polifónicas de Palestrina, y está escrita en un estilo preciso y refinado, independiente del desarrollo del barroco en cualquier otro lugar de Europa. Su estilo tiene mucho en común con el de Victoria, especialmente en su cuidadoso tratamiento de las consonancias y disonancias, frecuente inclusión de antífonas, y contradicciones cromáticas curiosamente comunes a los compositores ingleses e ibéricos de la época.

Se conservan tres libros de misas. Muchas de sus composiciones se basan en motetes escritos por Juan IV o por Palestrina. Fueron ampliamente publicadas, a menudo por intercesión real. Muchas de sus obras, entre ellas sus composiciones polifónicas más elaboradas, resultaron destruidas durante el terremoto e incendio de Lisboa de 1755.

Junto a Duarte Lobo y Juan IV de Portugal, representa la edad de oro de la polifonía portuguesa.