Hijo de Thomas Champion, tecladista y compositor conocido como Mithou. La evidencia para su fecha de nacimiento es una referencia a él como octogenario hecha aproximadamente en 1635 por Mersenne, apoyada después por declaraciones de Champion mencionando su vejez. El 10 de marzo de 1564 ya tenía bastante edad como para ser padrino, y se había casado algún tiempo antes del 27 de mayo de 1580. Un informe de esta fecha proporciona la primera evidencia de su empleo como organista y valet de chambre de Enrique III, un puesto en que puede haber sucedido a su padre. Después es descrito como intérprete de espineta, pero su interés en el órgano evidentemente continuó puesto que fue miembro del comité que en 1610 aceptó el órgano recientemente agrandado en Notre Dame.

No hay registro de la muerte de su esposa, ni que tuvieran algún hijo (por lo menos, ninguno sobrevivió en el siglo XVII). Pero el 31 de enero de 1601 tomó como su segunda esposa a Ana, hija de Robert Chastriot, 'escuier, sieur de Chambonnière'. Chambonnières era un feudo pequeño en la comuna de Le Plessis-feu-Aussous, aproximadamente 55 km al este de París (y 15 km de Chaumes-en-Brie, casa de la familia Couperin). El contrato matrimonial identifica al novio como ‘Jacques Champion, escuier, sieur de La Chapelle, vallet de chambre ordinaire du Roy, demeurant à París, rue de la Chanverrerye, paroisse St-Eustache', mostrando esto que en algún momento después de 1580 había adquirido el título de nobleza menor (La Chapelle) por el que era conocido en ciertos documentos y posiblemente como compositor.

El primero de sus tres hijos fue Jacques Champion (III) de Chambonnières. Durante muchos años su padre creyó que sería el único, y despilfarró en él todos los bienes que estaba en su poder dar, incluyendo el derecho a sucesión a su cargo real. Cuando una hija y otro hijo nacieron ya  quedaba poco, y es una medida de la percepción de Champion sobre el carácter de su hijo mayor que le pareció necesario hacerlo estudiar leyes a fin de asegurarse que el desequilibrio con los hermanos se compensaría por lo menos en parte. En una declaración fechada el 10 de abril de 1631 ordenaba que inmediatamente después de su muerte Chambonnières debería pagar un total de 3000 libras a su madre, hermano y hermana en consideración al puesto y otros beneficios conferidos a él por su padre. En efecto, a Chambonnières se le ordenó comprar el cargo a su familia, y si se hubiera negado con 'desobediencia e ingratitud' su padre le pedía al rey que no lo aceptara en su servicio. Actuó explícitamente de esta manera perentoria para conservar la armonía entre sus tres hijos, pero no necesitaba preocuparse. En 1639 su hija Louise se casó con un noble de Piedmontese, y su hijo menor, Nicolas (o Jehan-Nicolas), quién tomó el título de 'sieur de La Chapelle', llegó a ser capitán en el regimiento del Conde de Harcourt, bailó en un ballet de la corte y en 1656 recibió el derecho de sucesión del cargo de su hermano y antes de su padre –no hay ningún otro registro de su actividad musical, aunque el acta real expresa satisfacción con sus habilidades– que fue impedido de ejercer al parecer debido a su muerte prematura.

El testamento de Jacques Champion (II) está fechado el 4 de junio de 1632 y lo menciona como 'chevalier de l'ordre de St-Michel'. Figura por última vez en registros de pago en enero de 1638, y su hijo, que debe por ese tiempo haber tomado sus funciones, aparece junto a él como su sucesor. En 1621 John Bull le dedicó "Het joweel voor capelle" (Dart), y la fuente de esta composición (1629) contiene tres piezas que Dart atribuye a Champion, "Fantas: de Chappel", "Pauana simphonie de Chappel" y "Gaillarde de Chappelle"; una cuarta pieza puede ser la "Alemande de Chappelle" sobre la que Sweelinck puede haber escrito dos variaciones. . Esta música, si en verdad es de Champion –Apel no está de acuerdo– es completamente retrospectiva en estilo y sugiere que, aunque Chambonnières puede haber recibido su sólida formación contrapuntística de su padre, no recibió de él su libre alcance melódico y las ricas texturas de teclado. Según Dart, cinco piezas de danza ‘de chapelle', una fechada en 1619, estaban en un manuscrito perdido de Clark.