Eberlin tuvo un estilo de vida vagabundo. Después de una breve carrera militar (sirvió como capitán de las tropas papales en la península griega de Morea contra los turcos), y a continuación disfrutó de una educación musical en Roma. Trabajó como bibliotecario en su ciudad natal, Nuremberg. Después se volvió Kapellmeister en la corte de Eisenach, donde es mencionado en varias ocasiones como violinista desde 1667 hasta 1678.

Edición discográfica con una obra de Daniel Eberlin

Daniel Eberlin se casó y tuvo ocho hijos; su hija Luisa Amalia Juliane fue la primera esposa del compositor Georg Philipp Telemann y murió trágicamente en 1711 al dar a luz su primer hijo. En el otoño de 1678 el Landgrave Karl de Hesse-Kassel lo nombró en su corte para reorganizar la orquesta de la capilla.

En 1685 Eberlin regresó como maestro de capilla a Eisenach, donde fue nombrado pasante en 1689. Debido a ciertas irregularidades con el dinero del duque huyó de Eisenach en 1692 y se convirtió en banquero en Hamburgo. Durante la última etapa de su vida sólo se conservan algunas informaciones a través de su yerno Telemann, después de que fue capitán de la milicia en Kassel desde 1713. Del mismo modo, los detalles de su muerte son muy imprecisos.

Eberlin escribió cantatas para los servicios de la iglesia y una colección de sonatas trío de alta calidad musical. Sin embargo, sólo algunos de sus trabajos se conservan. Uno de sus alumnos fue Georg von Bertouch, compositor nacido en Alemania y funcionario que residió durante la mayor parte de su vida adulta en Noruega. Según se dice, Eberlin propuso dos mil scordaturas diferentes para el violín.