En el último lugar estudió un tiempo con Johann Pachelbel. Se hizo organista de la Liebfrauenkirche en Wernigerode en 1697. Andreas Werckmeister, que tenía conexiones con el pueblo, también puede haber influido en su desarrollo. En 1701 o 1703 se trasladó a la Iglesia de la Santísima Trinidad (Trinitatiskirche) en Sondershausen y permaneció allí hasta poco antes de su muerte. Johann Friedrich Eckelt sucedió a su padre como Stadtorganist en 1732. Uno de sus sucesores en Sondershausen fue el organista de la corte y lexicógrafo Ernst Ludwig Gerber, que seguidamente adquirido la biblioteca de Eckelt.

En la monografía sobre Eckelt, Gerber cita tres obras teóricas que después desaparecieron: "Experimenta musicae geometrica" (1715), "Unterricht eine Fuge zu formiren" (1722) y "Unterricht, was ein Organist wissen soll". Un cuarto estudio, el "Prolegomena de musica in genere", intentaba justificar las teorías de Eckelt sobre la música con base en las escrituras, una actitud típica en algunos círculos musicales luteranos de la época.

Aunque él se dio el título de 'componista' temprano en su carrera, es casi imposible evaluar la habilidad compositiva de Eckelt.

Gerber conoció una "Pasión" compuesta por él, así como arias sacras y piezas instrumentales, pero ninguna de éstas sobrevive. Salvo por su juventud, Eckelt podría ser el compositor de las piezas anónimas en la antología que copió en 1692. Este "Tabulaturbuch" (perdido desde la Segunda Guerra Mundial) también fue una fuente importante para Pachelbel y Froberger.