Las primeras noticias sobre su actividad musical son como maestro de capilla de la colegiata de Santa María, en Vitoria-Gasteiz, donde estuvo de 1679 a 1682. En 1682 partió hacia Lérida, donde fue maestro de capilla en la Catedral vieja. Tras ser ordenado canónigo, opositó a la maestría de la metropolitana de Burgos, donde ganó las oposiciones por 27 votos a favor, frente a los tres votos obtenidos por José de Cáseda, maestro de capilla de la catedral de Calahorra. Tomó posesión del cargo el 23 de noviembre de 1685.

Edición discográfica con una obra de Manuel de Egüés

En  octubre de 1691 fue a Zaragoza, de nuevo como maestro de coro en la catedral, pero en febrero de 1692 volvió a Burgos, donde permaneció hasta su muerte.

La inspiración de Egüés, su técnica y estilo lo hacen uno de los principales compositores españoles del Barroco. Usó principalmente el ‘stile severo', aunque su escritura melódica solista es a menudo florida y de un carácter virtuoso. Su música coral muestra técnicas imitativas y cordales. Hizo más uso de instrumentos que la mayoría de los compositores españoles de su tiempo, aunque (como era entonces normal en España) los usó menos por sus características individuales técnicas o expresivas que de una manera vocal, en grupos o 'coros'. Sus obras poli corales son principalmente para 12 voces en tres coros, pero un "Miserere para Jueves Santo" tiene 16 voces divididas en cuatro coros. Sus "Salves en romance", composiciones cortas que normalmente parafrasean alguna sección del "Salve regina" u otros textos Marianos como el "Ave maris stella", son de interés especial; se cantaban después que el Oficio Divino había terminado en el altar ante una imagen de la Virgen Bendita, y su belleza devota los pone alto entre las obras religiosas españolas. Su ensayo "Parecer acerca la controversia de Valls" fue impreso en "Elucidación de la verdad" de Joaquín Martínez (Valladolid, sin fecha).

La mayor parte de su obra se conserva en la catedral de Burgos.