Juan Esquivel fue maestro de capilla de la Catedral de Oviedo desde el 15 de noviembre de 1581 al 4 de octubre de 1585. Ocupó el mismo cargo en la Catedral de Calahorra desde el 29 de noviembre de 1585 hasta algún momento entre el 1 de enero de 1591 y el 6 de julio de 1595 y después de esto en la catedral de Ciudad Rodrigo desde antes de 1608 hasta por lo menos 1613.

Edición discográfica con obras de Juan Esquivel de Barahona

El dominicano Pedro Ponce  de León, Obispo de Ciudad Rodrigo desde 1605 a 1609, era su patrocinador, y pagó el costo de la impresión de sus tres colecciones de música de iglesia en latín.

Esquivel fue uno de los más prolíficos, y también uno de los mejores compositores españoles de su tiempo; sus motetes resisten comparación con los de Victoria sobre los mismos textos. La primera de sus publicaciones, "Missarum… liber primus" (1608), incluye tres misas basadas en motetes de Guerrero y una batalla a seis voces basada en "La bataille" de Janequin. Dos de las misas para cuatro voces en su "Liber secundus" de 1613 son parodias: una sobre el motete de Guerrero "Quasi cedrus" y la otra sobre el ampliamente divulgado motete de Rodrigo de Ceballos "Hortus conclusus".

En misas de ambas colecciones así como en sus motetes Esquivel combina viejas técnicas como ostinatos de cantus firmus y construcción canónica con la más nueva característica de los procedimientos de la generación de Alonso Lobo: armonía coloreada por el uso de accidentes, imitación pareada en movimiento directo o contrario, climax en un registro alto para los textos particularmente profundos, pausas dramáticas y contrastes de textura. Sus obras se usaron extensamente en España y Portugal a lo largo del siglo XVII y llegaron a México antes de 1610.