Muy poco se sabe sobre la vida de este compositor. Se matriculó en la Universidad de Rostock en 1603, donde estudió matemática y astronomía y más tarde teología. Un poema comendatorio suyo prologa Musica poetica de Joachim Burmeister (1606), una fuente importante de retórica musical. En 1608 obtuvo el grado de Maestro de Teología, y en 1610 era asistente del pastor luterano de Bülderup (ahora Bjolderup, cerca de Tinglev, Dinamarca). Desde 1617 hasta su muerte fue ministro en Warnitz.

Edición discográfica con una obra de Petrus Fabricius

El logro musical más notable de Fabricius es su recopilación del volumen del manuscrito DK-Kk Thott 841 (una pequeña parte del manuscrito se atribuye a Petrus Lauremberg, su amigo cuando era estudiante). Contiene 152 hojas y se compiló entre 1605 y 1607 (aunque posiblemente no se completó hasta 1608); varios suplementos poéticos también pueden haber sido trabajo de Fabricius. El manuscrito es una fuente excelente para los textos de canciones de la Alta y Baja Alemania y su música, sobre todo de los círculos estudiantiles. La mayoría de las piezas son en varias partes y están entabuladas, en tablatura alemana, para laúd de seis cuerdas. Muchas otras, sin embargo, son canciones solas en anotación de pentagrama, algunas de las cuales datan del siglo XVI; incluyen canciones polifónicas alemanas, melodías luteranas, canciones de arte populares y genuinas canciones folclóricas.

El amplio conocimiento de Fabricius sobre el repertorio extranjero está claro por el número de composiciones inglesas, francesas, italianas y polacas que incluyó además de sus propias piezas. Los compositores de piezas que entabuló los nombra como Hausmann, Meiland, Zangius, Lechner, Spatz, Friderici, William Brade, Scandello y ‘H. K.', y puede demostrarse a partir de las concordancias que también están representados Jacob Regnart, Henning Dedekind, Melchior Franck y Staricius. Algunas piezas no aparecen en ninguna otra fuente. Todas están copiadas con precisión. Su manuscrito también es importante para la historia literaria de la tradición de la canción de Alemania del norte, aunque menos por su contenido musical.