Durante la Guerra Civil parece haber servido como músico a Charles I: se le pagaron £5 el 30 de julio de 1646 y £4 adicionales el 26 de abril de 1649, tres meses después de la ejecución del rey. En 1662  se convirtió en organista y maestro de los coristas de la Catedral de Ely. Uno de sus primeras tareas fue copiar libros de nueva música para el coro, por lo que se le pagaron £10 en junio de 1663; sobreviven dos libros de órgano y un libro de partituras para tenor principalmente de su mano. También fue reembolsado por el Capítulo en relación con ‘varias reuniones musicales' entre 1663 y 1665.

Su full anthem "The king shall rejoice" probablemente fue compuesto para la visita de Charles II a la Catedral de Ely en 1669. Por ese año Ferrabosco abandonó sus deberes como maestro de los coristas; continuó como organista catedralicio, pero se dice que habría perdido la vista hacia el fin de su vida. En 1671 se le confirió el MusB por la Universidad de Cambridge a pedido del rey. El 28 de junio de 1679 se casó con Anne Burton en la Iglesia de la Trinidad, Ely. 

Ferrabosco fue un compositor asiduo y práctico para la Iglesia restaurada de la liturgia de Inglaterra, aunque no especialmente imaginativo. Mucha de su música ha llegado a nosotros en estado defectuoso debido a la pérdida de partituras. Existen partituras del siglo XVIII de algunos de sus servicios, sin embargo, y las partes de órgano totalmente escritas en autógrafo de sus verse anthems revelan mucho sobre sus textos (invariablemente de los Salmos), música (estaban usándose niños solistas evidentemente en Ely a mediados de los años 1660) y estilo (generalmente conservador).

Ferrabosco proporcionó el repertorio con servicios para oración de Mañana y Tarde y la sagrada comunión en una amplia variedad de claves, usando el viejo dispositivo del motivo principal para dar un efecto de unidad entre los cánticos. El servicio completo en Do Mayor, del que sólo sobrevive la parte del tenor, es curioso por ser casi completamente en tiempo triple. . El "Burial Service", una extensa composición litúrgica que empieza con la frase cantada ‘al encontrarse los Cuerpos que entran en Procesión' y termina con el himno ‘cantad en la Tumba', es un trabajo de simple y sombría dignidad.