Después del entrenamiento y un primer período de actividad en Sicilia , fue contratado por el rey Felipe III de España , como maestro de capilla de la corte en las residencias de Valladolid y de Madrid. Luego trabajó como limosnero del Duque de Saboya en Turín. Era un estudioso y un sacerdote y provenía de una familia noble; mantenía una alta opinión de su propia aptitud para la música ‘para la que he mostrado habilidad asombrosa desde la niñez'.

Frontispicio de "Il Helicone", que contiene un Madrigal de Giovanni Pietro Flaccomio (1616)

En "Le risa a vicenda", editada en 1598 por Flaccomio y dedicada al cardenal Del Monte, nueve compositores pusieron música a un madrigal de dos partes para cinco voces (una proposta-risposta entre dos amantes) del que la colección entera toma su título. Alternando con estas nueve obras hay diez composiciones sobre textos diferentes: el primero y último madrigales forman un marco, refiriéndose sus textos al poema principal, y la mayoría de los otros ocho textos se conecta por lo menos vagamente con él. El libro es por consiguiente un ejemplo de la moda de la época para las antologías de madrigales con un tema literario unificador. La primera pieza del poema de título, por Gerolamo Lombardo, maestro di cappella de la Catedral de Mesina, tenía como objetivo servir como modelo para los otros compositores, los más importantes compositores romanos, mesineses y milaneses de la época.

Los dos volúmenes de Flaccomio publicados en Venecia en 1611 estaban dedicados desde Madrid y dirigidos a miembros de la corte española. Los madrigales son piezas elegantes y a la moda, para dos voces altas y una baja, con una parte de bajo continuo; estilísticamente son canzonettas y scherzi, pero formalmente son madrigales. El refinamiento del estilo musical hace juego con la excelencia de los textos; muchos de ellos ya habían sido puestos en música  por otros, o como madrigales polifónicos o en el nuevo estilo monódico. Los madrigales que sobreviven de sus composiciones de "Il pastor fido" de Guarini demuestran su habilidad en el más antiguo medio polifónico de cinco partes. Estilísticamente sus obras se enmarcan dentro del ámbito de la música barroca.