Se desconoce el lugar de su nacimiento y nada se sabe sobre sus estudios musicales. Fue un músico impago en la Catedral de Praga, aproximadamente desde 1690, y desde 1701 a 1726 fue maestro de coro de la iglesia de la Natividad de El Loreto en Hradčany, Praga. El 6 de octubre de 1705 sucedió a Wentzeli como capellae magister seu praefectus chori de la catedral y conservó ese puesto durante casi 30 años hasta su muerte (cuando fue sucedido por Görbig); por medio de una cuidadosa selección de los miembros levantó el nivel del conjunto.

Edición discográfica con ujna obra de Johann Christoph Gayer

Además de sus actividades musicales era archivero alemán de la corte de apelaciones de Praga. Su hijo Vojtěch (Adalbert) era intérprete de viola o violonchelista de la catedral desde 1727, y ayudó como maestro de coro durante la enfermedad final de su padre. Hacia 1705 Gayer había empezado a reunir una biblioteca de música sacra italiana contemporánea y de sus propias composiciones, y la agrandó en 1717 con nuevas adquisiciones de Nápoles y Roma (algunos de éstos fueron comprados al parecer por el capítulo catedralicio). Su colección de música fue adquirida después de su muerte por el monasterio de los Cruzados en Praga.

El estilo de Gayer es cercano al de la música de iglesia veneciana de fines del Barroco. En la mayoría de sus obras el contrapunto vocal alterna con secciones homofónicas acompañadas por cuerdas, trombones, trompetas y órgano; a veces los instrumentos simplemente doblan las voces. Hace poco uso del aria da capo. Las mejores obras de Gayer, por ejemplo su "Regina coeli", son notables por el experto uso de la fuga y otros procedimientos del contrapunto. Alguna de su música estuvo en uso hasta comienzos de los años 1760 en el monasterio de los Cruzados.