Se desconoce el lugar de su nacimiento y posiblemente fue alumno de Nicolas Lebegue. Es el autor de la colección más grande de música de clavicordio del siglo XVII en Francia. La única información fiable sobre él aparece en la página de  título  de su libro de clavicordio y en unos pocos documentos del archivo de Perpignan. Hay varias referencias a ‘Geoffroy' o a ‘Nicolas Geoffroy' en documentos parisienses entre 1658 y 1713, sugiriendo que por lo menos dos músicos de este nombre estaban allí activos, pero es imposible saber cuántos más había o cómo estaban relacionados. Jean-Nicolas era organista de St Nicolas du Chardonnet en París, probablemente hasta 1690.

Edición discográfica de obras de Jean-Nicolas Geoffroy

Era considerado un experto en fabricación de órganos y en algún momento de su vida se establecó en Perpignan donde tocó el órgano de la Catedral. En 1690 su nombre aparece primero en documentos de Perpignan y allí fue acusado  por el organista catedralicio, Villeneuve, de haber usurpado sus funciones y quizás su sueldo. Geoffroy puede haberse visto comprometido por su conocimiento técnico, puesto que Jean de Joyeuse, constructor del nuevo órgano, había fallado a pesar de sus mejores esfuerzos en instruir a Villeneuve en el mantenimiento del órgano, sobre todo en las paradas de lengüeta de estilo parisiense. De todos modos, el 8 de abril de 1691, ‘Jean-Nicolas, dit Jofré' tomó el puesto de Villeneuve de común acuerdo y se instaló formalmente como organista de la catedral el 15 de agosto de 1692. A su muerte, Villeneuve volvió, y el órgano sin ninguna duda se descompuso.

La única música claramente atribuida a Jean-Nicolas es una copia manuscrita, "Livre des pieces de clavessin de tous les tons naturels et transposéz", hecha después de su muerte y una vez en poder de la escuela del coro de Rouen, de nada menos que 213 piezas ‘copiadas de sus obras', de las que 42 existen en una segunda versión transportada. La mayoría están agrupadas en 16 suites para clavicordio (incluyendo cuatro transposiciones), pero hay también unas piezas para violas, diálogos para violas y clavicordio, y piezas para órgano.

Aunque la mayoría de sus piezas son típicas del periodo y se parecen a las de Lebègue tanto como a las de otros, su estilo y particularmente su armonía revelan a Geoffroy como un compositor extraordinariamente inventivo e incluso experimental. Sin embargo, tenía poca habilidad para controlar sus ideas y muchas de sus disonancias e inflexiones cromáticas sorprendentes tienen un efecto arbitrario en lugar de intensificar la expresión de la música. Era aficionado a mezclar las escalas mayores y menores y era pródigo con las relaciones falsas resultantes. . Otro volumen que perteneció a la escuela del coro de Rouen ha sido a menudo mal atribuido a Geoffroy, pero no hay ninguna conexión musical.