Nacido en Austria, adoptó la nacionalidad holandesa. La Contra-Reforma en Austria obligó  a su padre, un pastor luterano de Wels, a regresar con su familia a su ciudad natal, Regensburg. Allí el joven Haffner puede haber sido alumno de Paul Homberger y Johann Reinhard Seulin en el Gymnasium Poeticum.

Alrededor de 1640 se trasladó a Amsterdam, Holanda, donde estuvo activo como músico de la ciudad y el 13 de noviembre de 1658 fue nombrado organista de la Oude Lutherse Kerk.

Excepto por una pieza de cuatro partes, “De vyf Carileenen” (cinco partituras de canciones sobre los cinco sentidos), en una  eición holandesa de los ballettos de tres partes de Gastoldi (Amsterdam, 1657), su única música conocida es la colección “Alauda spiritualis” Op 1 (Amsterdam, 1647).

Contiene 21 composiciones sacras con textos en latín para una a cuatro voces con continuo, escritas en el estilo concertato italiano.