La información disponible deriva de su lápida y de sus retratos. Su padre, Hans Hammerschmidt, era de ascendencia sajona y un talabartero en Bohemia, primero en Saaz y desde 1610 en Brüx, y su madre probablemente procedía de Bohemia; se casaron alrededor de 1609. A causa de que Bohemia se volvió católica de nuevo durante la Guerra de Treinta Años, la familia Hammerschmidt tuvo que dejar Brüx en 1626. En 1629 Hans Hammerschmidt se convirtió en ciudadano de Freiberg, Sajonia. Nada se sabe sobre la primera educación de Andreas Hammerschmidt: en esa época no había ningún Gymnasium en Brüx, y su nombre no aparece en los registros del Gymnasium de Freiberg. Christoph Demantius, Kantor y destacada personalidad musical en Freiberg desde 1604 a 1643, probablemente no fue realmente su maestro (aunque probablemente se conocieron), y puede haber tenido algún tipo de aprendizaje con uno de los otros músicos de Freiberg.

Desde julio de 1633 a 1634 Hammerschmidt fue organista al servicio del Conde Rudolf von Bünau en el castillo de Weesenstein, Sajonia, donde Stephan Otto, que podría haber sido su maestro, era Kantor. Después de la salida de Schreiber para Zittau, postuló el 9 de octubre de 1634 para el puesto de organista en la Petrikirche, Freiberg, y fue elegido el 8 de diciembre. Puede haberse hecho cargo de sus deberes en el nuevo año, aunque fue designado formalmente sólo en julio de 1635. El puesto de organista de la Petrikirche era el principal cargo en Freiberg, aunque el sueldo apenas alcanzaba para vivir. La primera obra impresa de Hammerschmidt, "Erster Fleiss", dedicado al alcalde y consejeros de Freiberg, apareció allí en 1636. Bien puede haber compuesto la primera parte del "Musicalische Andachten" (1639) para el uso en los servicios de la Petrikirche. El 22 de agosto de 1637 se casó allí con Ursula Teuffel, hija de un hombre de negocios de Praga; de sus seis hijos, tres murieron en la infancia.

Andreas Hammerschmidt

Después de la muerte de Christoph Schreiber, Hammerschmidt fue designado su sucesor como organista de la Johanniskirche, Zittau; el 18 de noviembre de 1639 se despidió del concejo de Freiberg con una carta de agradecimiento; éste sería el último y más importante puesto de su carrera. Fue en Zittau que produjo la mayor parte de su música y llegó a ser realmente popular (el ‘mundialmente famoso Herr Hammerschmied' lo llamó Johann Rist en 1655). Nada se sabe de sus solicitudes de algún otro puesto o de su sus alejamientos de Zittau, excepto en viajes a lugares como Bautzen, Dresde, Freiberg, Görlitz y Leipzig. (Los registros de archivos de Zittau que cubrían sus 36 años allí fueron destruidos por el fuego en 1757). Hasta 1662 fue el único organista en Zittau.

La Johanniskirche, la iglesia principal  de allí, tenía tres órganos en ubicaciones opuestas y esto permitía posibilidades ideales para la interpretación del estilo concertato. Durante la estancia de Hammerschmidt en Zittau el Kantor de Johanniskirche y de Johanneum (el Gymnasium local) era Simon Crusius. El primer trabajo de ambos hombres coincide con la Guerra de Treinta Años, durante la cual la escuela y el coro fueron diezmados. Las condiciones mejoraron poco después de la guerra, pero fue sólo después que estaban muertos que la vida musical realmente empezó a florecer de nuevo. No obstante, durante su asociación la posición de organista se volvió de real importancia. Se exigía que el organista compusiera y tocara música vocal al órgano. Él dirigió a los solistas del coro escolar y el conjunto instrumental de los músicos del pueblo, mientras que el Kantor era responsable de la música litúrgica coral. Hammerschmidt se convirtió en un compositor muy prolífico por consiguiente. Los muchos poemas laudatorios que prologan sus publicaciones, entre ellos los versos de hombres prominentes tales como Schütz y Rist, dan testimonio de la alta estima en que era tenido. También tenía un gran número de alumnos y era la única persona en Zittau autorizada para dar clases de teclado.

Se le llamó a menudo como experto en órganos (por ejemplo a Bautzen en 1642 y a Freiberg en 1659 y 1672). El concejo de Zittau lo nombró superintendente del pueblo y del bosque de Waltersdorf an der Lauscha. Todas estas actividades le permitieron vivir en considerable abundancia. En 1656 compró una casa en Webergasse, directamente al frente de la Johanniskirche, y la agrandó con la compra de un jardín; en 1659 compró una parcela de tierra fuera del pueblo y construyó una casa de verano. Sus dedicatorias y prólogos y su correspondencia personal revelan a un hombre notablemente culto y educado. Dos retratos supervivientes suyos, en la cuarta parte del "Musicalische Andachten" (1646) y en el "Missae" (1663), revelan a un individuo de rasgos apasionados, probablemente no incompatible con arranques súbitos de ira. En su última publicación, en 1671, se refiere a su ‘vida cansada' y ya estaba padeciendo al parecer decaimiento senil. Murió el 29 de octubre de 1675 y a su entierro, el 3 de noviembre, asistió mucha gente; su lápida lo describe como el ‘Orfeo de Zittau'.

La mayoría de la producción de Hammerschmidt consiste en obras sacras vocales: publicó más de 400 de ellas en 14 colecciones, todas más o menos adhiriendo al principio del concertato. Según su propia clasificación ellas comprenden obras en las formas de  motete, concierto y aria. Decía que en sus motetes se sentía limitado por la tradición, considerando que veía el concierto como una forma verdaderamente moderna.

Aunque Hammerschmidt fue un organista toda su vida, ninguna obra para órgano suya ha sobrevivido. Su música instrumental se limita a las tres colecciones de piezas que aparecieron en 1636, 1639 y 1650. . Finalmente, debe hacerse mención a la importancia de Hammerschmidt como compositor de canciones seculares a través de las tres partes de su Weltliche Oden (1642, 1643 y 1649). Contienen un total de 68 canciones solistas, dúos y tríos con violín obbligato que son todas partituras sobre poemas de la época.