Se cree que de joven pasó su vida en los círculos estudiantiles de Leipzig tocando el violín y enseñando danza e instrumentos de teclado. Después de una amenaza de arresto por deudas, huyó a una aldea cerca de Merseburg donde entró en la residencia de un pastor como tutor de sus hijos. Allí tuvo la idea de desarrollar un instrumento de arte desde la forma rústica del dulcémele usado para música de danza en la posada de la aldea; el pastor era un experto artesano y lo ayudó en la transformación. En su forma final tenía cuerdas dobles de metal y tripa. Aunque el instrumento atrajo atención a causa de su flexible dinámica variación, no se sabe si Hebenstreit lo ideó con estas características en su mente. 

El desarrollo del instrumento debe haber sido completado hacia 1697 (Básicamente era un dulcimer (salterio) de gran tamaño, de más de tres metros de largo, con 185 cuerdas y una doble caja de resonancia). Poco tiempo después se supone que Hebenstreit y su ‘invento’ atrajeron la atención de un cortesano que pasó por la aldea, quien hizo arreglos para una demostración en la corte de Dresde. Aparentemente Hebenstreit logró arreglar sus cuentas en Leipzig, porque en 1697 pudo ser escuchado en la ciudad tocando su ‘cimbal’; Johann Kuhnau relata (en “Critica musica”, ii, de Mattheson, 1725) que ‘Monsr. Pantalon actuaba como maître de danse’. Kuhnau hace énfasis en las dificultades técnicas y la habilidad de la interpretación de Hebenstreit, y se refiere a una visita que Hebenstreit había hecho a J. B. Volumier en Berlin (que bien puede haber sido antes de 1697); Hebenstreit habría pasado allí tres meses, dedicado exclusivamente a practicar. En 1698, como ‘Ms. Pandalon, maestro de danza de Leipzig’, fue a la corte en Weissenfels, donde el duque Johann Georg le otorgó un nombramiento permanente como maestro de danza. Augustus el Fuerte lo escuchó tocar allí en 1703.

En 1705 Hebenstreit visitó Paris. Luis XIV quedó tan impresionado que se dice que ordenó que el instrumento se llamara ‘pantaleón’ por su inventor. El Abbé de Châteauneuf escuchó a Hebenstreit en el salón de Ninon de Lenclos y  se refiere a él en su “Dialogue sur la musique des anciens” (Paris, 1725); esta es una de las primeras descripciones del instrumento. Algunas veces es conocido como ‘pantalon’. 

Hebenstreit se trasladó a la corte del duque Johann Wilhelm en Eisenach probablemente en junio de 1707 (aunque el documento de su nombramiento está fechado sólo el 10 de octubre). Al principio fue maestro de danza de las hijas del duque; más tarde formó un establecimiento musical. Telemann, que fue contratado como director en 1708, alabó el trabajo de Hebenstreit, su maestría en el estilo francés, su virtuosismo en el pantaleón y su habilidad en el violín (la que evaluaba inferior a la suya). En 1709 Telemann fue promovido en lugar suyo a Kapellmeister y hacia fines del año  Hebenstreit había abandonado Eisenach embarcándose en una serie de giras de concierto que aumentaron su reputación. En Viena el  emperador le regaló una cadena de oro con su retrato. El 11 de mayo de 1714 se unió al establecimiento musical de la corte de Dresde como música de cámara y pantaleonista; recibió el poco usual sueldo de 1200 thalers con una asignación adicional de 200 thalers para el mantenimiento de su instrumento. En 1729 fue también puesto a cargo del canto en la iglesia protestante del palacio. Estuvo presente, como Vice-Kapellmeister electoral, en la audición de  Wilhelm Friedemann Bach en el órgano de la Sophienkirche de Dresde el 22 de junio de 1733; gracias a su aprobación Bach obtuvo el puesto de organista. 

Dificultades en su vista obligaron a Hebenstreit a dejar de tocar el pantaleón en 1733. Fue nombrado director de música de la iglesia  protestante de la corte en 1734 y consejero privado en 1740: ambos puestos representaron un medio para mantenerlo en su vejez, aunque paulatinamente se fue alejando de la vida pública en sus últimos años. En 1737 fabricó un glockenspiel de porcelana; el instrumento había sido producido por primera vez sólo 30 años antes. También ayudó a preparar el camino para el desarrollo del piano: C. G. Schröter, que sostenía haber construido tres modelos para mecanismos de piano en 1717, reconoció una deuda con el, tal como Wahlfried Ficker, que anunció un piano en 1731. 

El desarrollo del piano desplazó al pantaleón de su popularidad y  eventualmente desapareció del todo. Aun así, en 1727 Hebenstreit obtuvo una orden real contra Gottfried Silbermann en Freiberg por fabricar un gran número de pantaleones, agregados a los encargados por el inventor, y por haber constituido una ofensa criminal la construcción de imitaciones. Incluso para sus contemporáneos, la importancia de Hebenstreit como artista descansa casi enteramente en sus logros como inventor e intérprete del pantaleón. La significación de su trabajo como violinista, Kapellmeister y sobre todo como profesor (sus alumnos incluyeron a J. C. Richter, C. S. Binder y G. Gebel) fue generalmente pasada por alto. A pesar del testimonio de Telemann sobre su maestría en el estilo francés, Hebenstreit no fue un notable compositor; la mayor parte de su música debe haber consistido en  improvisación o trascripción libre de obras de otros, especialmente obras para teclado, en el pantaleón. Sus obras conocidas incluyen diez suites para orquesta con oberturas francesas (destruidas en 1944); y una obertura “La chasse” para nueve instrumentos, listada por J. F. Fasch en su catálogo de la Zerbst Hofkapelle.