En 1709 era Kapellmeister del Duque de Holstein-Glücksburg (posiblemente gracias a los buenos oficios de Andreas Kirchhoff, entonces en Dinamarca) y en 1711 fue nombrado organista en Quedlinburg, antes de trasladarse en 1714 a Halle, donde fue organista y 'director musices' en la Liebfrauenkirche; el puesto fue rechazado previamente por Johann Sebastian Bach. En 1716 Bach, Kuhnau y Rolle vinieron a examinar el órgano, recientemente construido por Cunzius. Kirchhoff compuso dos cantatas dedicadas al órgano y también escribió y dirigió la música en honor de las festividades académicas (1733) y el bicentenario de la Reforma en Halle (1741).

Las obras de Kirchhoff incluyen cantatas en la tradición de Zachow, J. S. Bach y Erdmann Neumeister, usando sucesiones de breves movimientos arioso y a veces enlaces de recitativos y corales acompañados. Se ven lazos con Bach en su música de "Christen, ätzet diesen Tag" (bwv63) y en "L´ABC musical: Praeludia und Fugen aus allen Tönen" de 1717 (perdido). Sus piezas para órgano y en particular los preludios corales muestran la influencia de la escuela de Pachelbel así como de Zachow; sus rasgos característicos incluyen tratamiento imitativo de melodías corales, figuración libre, melisma y dominio de las voces superiores. Sin embargo no parecen confirmar su reputación como un organista virtuoso. Pero sus otras obras para teclado y sus sonatas para violín muestran que su alta reputación estaba bien fundada. Una de las sonatas para violín aparece como una sonatina de cinco movimientos en el Notebuch de Leopold Mozart para su hijo (1762).