En 1617 se fue al monasterio benedictino de Kremsmünster, donde permaneció por el resto de su vida. Primero fue empleado como laudista y oficial administrativo. En 1628, después que se había convertido en miembro de pleno derecho de la orden benedictina y cambió su nombre de Johannes a Benedikt, se le puso a cargo de la música sacra sucediendo a Benno Schweickhart como director de coro y musical; la música de la corte estaba en manos de Alessandro Tadei, pero después que Tadei se fue, el 20 de mayo de 1629, Lechler dirigió esta también. Su deseo de proporcionar a la capilla, la escuela y el teatro del monasterio composiciones adecuadas, lo impulsó a emprender largos viajes por Italia en 1632-33, incluyendo una visita a Roma, donde entró en contacto con Carissimi. Fue relevado de la mayor parte de sus responsabilidades musicales alrededor de 1651, presumiblemente a causa de problemas de salud.

La mayor importancia de Lechler es como copista de música, coleccionista y antólogo. Entre 1633 y 1650 reunió cuatro grandes colecciones en partituras, conocidas como "códices Lechler", dedicadas principalmente a la música sacra vocal, así como varios manuscritos más pequeños. Estas partituras, conservados en la abadía benedictina de Kremsmünster, Austria, incluyen música de los compositores italianos más importantes de la época (Carissimi, Donati, Grandi, Merula y Monteverdi), así como música de compositores activos en Viena y en otros lugares en las partes meridionales de las tierras de habla alemana (Emperador Fernando III, Michael Kraf, Heinrich Pfendner, Johann Stadlmayr, Christoph Straus y Giovanni Valentini (I)). Los manuscritos de Lechler son fuentes importantes de información sobre el uso de instrumentos en obras vocales de gran escala; varias transcripciones contienen indicaciones detalladas relativas a la instrumentación que no se encuentran en las fuentes impresas.

Las composiciones sacras de Lechler incluyen tres misas (dos de ellas misas parodia), un réquiem, himnos, motetes y un Magnificat. La mayoría son composiciones a gran escala para voces e instrumentos, muchas ofreciendo efectos de eco, indicaciones solo-tutti y sonatas instrumentales independientes. La escritura vocal a menudo enfrenta a pequeños grupos desde dentro del conjunto a unos contra otros o contra el tutti completo. Sin embargo, la música recuerda la anterior escritura policoral más que el estilo concertante moderno, ya que sigue siendo predominantemente homofónica y generalmente enfrenta a las voces superiores contra las voces más bajas en pasajes antifonales. Aunque Lechler ocasionalmente incorpora pasajes en solo y texturas de dúo, no hace uso extensivo de los estilos recitativo o aria. Además de sus obras vocales sacras, sobreviven dos canzonas policorales instrumentales, piezas incidentales para producciones teatrales y obras para laúd solo. Lechler escribió también obras diplomáticas e históricas y llevó un importante diario ("Efemérides", perdido).