Hijo de Johann Anton Losy, quizás nacido en Purz en el cantón suizo de los Grisones. Jan Antonin tenía un hermano gemelo (Johann Baptist) y también cuatro hermanas. Su padre se había establecido en Praga en 1627 y había sido ascendido a la nobleza Bohemia como Conde de Losinthal por su valentía durante la defensa de la ciudad contra los suecos en 1648. También adquirió la propiedad y el castillo de Steken (Distrito de Strakonitz, al sur de Bohemia) en 1638. Jan Antonin (o Johann Anton Logy) estudió en la Universidad Charles-Ferdinand de Praga desde 1661, obteniendo su bachillerato en 1667 y recibiendo el doctorado en filosofía el 15 de agosto de 1668. El interés de Losy por la música fue fomentado por su maestro de laúd y ayuda de cámara Achazius Kazimir Huelse, quien parece haber seguido siendo un amigo de toda la vida. Después de graduarse emprendió probablemente la acostumbrada gira europea; se sabe que visitó Italia, y probablemente fue también a Francia y los Países Bajos. Su profundo conocimiento del estilo de laúd francés indica que pudo haber estado en París y conocido a laudistas como Mouton y Dufault.

Luego de la muerte de su padre en 1682, Jan Antonin heredó su título, convirtiéndose en el segundo conde Losy. También heredó parte de las propiedades familiares y un nombramiento Imperial como  Concejero del reino de Bohemia. Su posición oficial significaba que, mientras viviera en Praga, frecuentemente tenía que viajar a la corte Imperial de Viena. Tenía un gran entusiasmo por la música francesa, sobre todo la de Lully, y también por la música de Fux. Tocaba el laúd y el violín en conciertos en su palacio de Praga. En la plenitud de su fama (1696–97) viajó a las tierras alemanas y participó en una competencia musical amistosa en Leipzig con Pantaleon Hebenstreit y el Thomaskantor Johann Kuhnau, quien posteriormente dedicó a Losy su "Frische Clavier Früchte" (1696).

Edición discográfica de obras de Jan Antonin Losy von Losinthal

Como aristócrata, se esperaba que las actividades musicales del Conde Losy siguieran siendo amateurs. Sin embargo, parece haberse ganado la admiración de varios músicos profesionales por su forma de tocar el laúd y sus composiciones. En 1697 participó en un concurso musical con el cantor de Leipzig Johann Kuhnau. Jan Antonin Losy fue el laudista más conocido y respetado de Praga a fines del siglo XVII, pero su reputación se extendió lejos fuera de su propia tierra. Fue alabado por Ernst Gottlieb Baron (Historisch-theoretische und practische Untersuchung des Instrumenta der Lauten, 1727); pero  a pesar de su excelente reputación como intérprete e improvisador en el laúd, solamente uno de sus trabajos se publicó en su propia vida. Éste fue "Courante Extra-ordinaire", que formó parte de la coleccion "Cabinet der Lauten", publicado en 1695 por Philippe Franz Lasage de Richée. A comienzos del siglo XVIII se casó con Franziska Claudia Gräfin von Strassoldo, con quien tuvo un hijo, Adam Philipp Losy von Losinthal, nacido en 1705; este hijo, que vivió en Viena, se hizo director de música de la corte imperial y fue un competente intérprete de contrabajo en las orquestas aristocráticas.

Mientras trabajaba en Praga en 1715, Gottfried Heinrich Stölzel conoció al Conde Losy, que 'tocaba el laúd tan bien como uno que hace de él una profesión' y también tocaba el violín. No hay evidencia de que tocara otros instrumentos, aunque hay una fuente bastante rica de transcripciones de sus composiciones para laúd para otros instrumentos disponibles (guitarra barroca, teclado, angelique, mandora y violín). La medida real de su popularidad se ve en el número y la amplia distribución de manuscritos que contienen sus composiciones, que también existen en arreglos para mandore, angélique y teclado. Varios manuscritos de composiciones suyas para guitarra probablemente también son arreglos. Losy adoptó el estilo y géneros franceses tradicionales, pero moderó un poco  la textura del brisé característica de la música de laúd parisiense,  en favor de una melodía y líneas de bajo más claras, probablemente influenciado por compositores austriacos contemporáneos.

Compuso principalmente suites de danza, como era típico en su tiempo, pero a veces intentó obras más grandes como aquéllas en el estilo de obertura de tres partes popularizadas por Jean-Baptiste Lully. Inspirado en los compositores franceses e italianos, Losy dominó el estilo francés de laúd y sus obras existentes demuestran su inteligencia y brillante animoso amor por el laúd. Su importante producción musical (suites, partitas, invenciones, danzas sueltas, etc.) extensa y muy creativa, se conserva en diferentes bibliotecas de ciudades como Berlín, Praga, Viena, París, etc.

Uno de sus manuscritos, una colección de piezas escritas para guitarra de cinco cuerdas, se conserva en la Biblioteca Nacional y Universitaria de Praga. Buena parte de las de la colección de Viena fueron objeto de estudio y trascripción a mediados del siglo XIX. Aproximadamente sólo sobreviven 60 piezas en tablatura de guitarra, la mayoría de las cuales pueden ser arreglos de originales para laúd. Después de la muerte de Losy en Praga a los 70 años de edad, el gran laudista alemán Silvius Leopold Weiss rindió tributo a su colega, dedicando a su memoria la obra "Tombeau sur la mort de Monseigneur Comte de Logi". Su hijo Adam Philipp Losy von Losinthal, entonces un estadista austriaco, Director General de Construcción, Caballero de la Orden del Toisón de Oro y también un músico talentoso, heredó todas sus propiedades.