No hay información sobre sus estudios musicales. Lugge fue organista desde 1603 y vicario coral laico desde 1605 de la Catedral de Exeter, hasta 1647. Su padre probablemente fue Thomas Lugge, que se casó en 1586, un empleado laico en la catedral, pero que después perdió su puesto por mal comportamiento. Otro hijo, Peter, se instaló en Lisboa, desde donde envió una carta que las autoridades interceptaron en 1617, provocando que John fuera examinado ante el Obispo Cotton bajo la sospecha de tener simpatías por el catolicismo. El obispo lo exoneró con el informe de que ‘aunque yo temo, y por lo conversado sospecho que ha comido un poquito, o masticado un pedazo de esta fruta prohibida, sin embargo yo creo realmente que él los ha escupido todos de nuevo'. Una búsqueda en su casa cuatro años después no reveló nada incriminatorio.

Su hijo Robert (nacido en 1620), que se graduó BMus en la Universidad de St John, Oxford, en 1638, estuvo en un problema similar. Despedido con ignominia, huyó poco después al extranjero y se convirtió en  católico. Algunas composiciones previamente atribuidas a él más probablemente son por consiguiente de su padre.

Aunque el repertorio de música de órgano inglesa en la primera mitad del siglo XVII es escasa, la contribución de Lugge, conservada en un manuscrito autógrafo, asume un lugar importante junto con la de Orlando Gibbons, Thomas Tomkins y John Bull. Sus composiciones de cantus firmus normal son fluidas e inventivas, y los tres  ‘voluntaries’ para doble órgano son los mejores ejemplos de este peculiar género inglés escritos antes de la Guerra Civil. Su música de iglesia es de importancia sólo menor, aunque bien escrita.