Se desconoce la fecha y lugar de su nacimiento, así como algo sobre sus estudios musicales. A partir de 1651 fue suplente en la Capella Rorantistarum de la catedral de Wawel en Cracovia. En 1653 o 1654 se convirtió en miembro de pleno derecho y poco después su director, cargo que desempeñó hasta 1682. En esta condición produjo para la capilla numerosas copias de obras vocales de compositores polacos de la época (especialmente P?Kiel) y también adaptó algunas partituras del siglo XVI. Estas copias, que llevan la firma MMPR ('Mathias Miskiewicz Praepositus Rorantistarum'), son muy importantes para la documentación de la música polaca en el siglo XVII.

Sólo se conoce una composición ciertamente de Miskiewicz, "Jesu, dulcis memoria" de cuatro partes (Kk, 3 de junio de 1668), escrita en el estilo contrapuntístico tradicional típico de la música sacra. Otra obra entre los manuscritos de la Capella Rorantistarum es una "Missa 4 vocum pro nativitate D.N. Jesu Christi" que lleva las iniciales M.M.; es más probable que sea suya que de otro posible candidato, Marcin Mielczewski.