Fue descrito por sus maestros como tenaz y apasionado por su educación. Naudé entró a la universidad a una edad temprana, donde estudió filosofía y gramática. Más tarde estudió medicina en París y Padua (donde asistió a clases de Cesare Cremonini), y se convirtió en médico para Luis XIII. En 1633 recibió el título honorífico de 'médecin du roi'.

Gabriel Naudé

A la edad de veinte años, Naudé publicó su primer libro "Le Marfore ou Discours Contre les Lisbelles". El trabajo le traería a la atención de Henri de Mesme, Presidente del Parlamento de París. Mesme ofreció a Naudé el trabajo de bibliotecario de su colección personal. Mesme tenía una gran biblioteca para la época (unos 8.000 volúmenes) y estaba abierta a los estudiosos que tenían las referencias apropiadas. El servicio de Naudé en la biblioteca de Mesme le daría la experiencia que utilizaría más tarde para escribir el "Advis pour dresser une bibliotèque". Naudé escribió dicha obra para Mesme como una guía para la construcción y el mantenimiento de su biblioteca. En 1629 se convirtió en bibliotecario del cardenal Guidi di Bagno en Roma, y a la muerte de Bagni en 1641 fue bibliotecario del cardenal Francesco Barberini.

Por deseo del cardenal Richelieu comenzó una controversia con los benedictinos, negando la autoría de Jean Gerson de "De Imitatione Christi". Richelieu pretendió hacer de Naudé su bibliotecario, y a su muerte Naudé aceptó una oferta similar del cardenal Mazarino. Durante los siguientes diez años se dedicó a reunir de todas partes de Europa, el noble conjunto de libros conocidos como la Bibliothèque Mazarine. Mazarino había traído con él a París una colección de más de 5.000 volúmenes. Al igual que Naudé, creía en una biblioteca abierta para ser utilizada por el público para el bien de las personas. En 1642 compró un edificio para albergar su biblioteca y dio instrucciones a Naudé para construir la mejor colección posible.

Frontispicio de "Advis pour dresser une Bibliothèque" de Gabriel Naudé - 2 ͣ edición 1654

La forma más rápida era absorber bibliotecas enteras en la colección, consejo que Naudé incluyó en su libro. Naudé despojaba a los vendedores de libros de segunda mano, y Mazarino instruyó a sus embajadores, funcionarios del gobierno y generales para recolectar libros para él. Naudé pudo viajar por Europa, y durante un viaje que duró varios meses recogió más de 14.000 volúmenes. En 1648 la biblioteca había reunido un estimado de 40.000 volúmenes. Fue abierta en forma regular y había reunido un número considerable (casi 100) de clientes habituales, y varios miembros del personal para que siguiera funcionando correctamente. Se convirtió en la primera en Francia en estar abierta para todos, sin referencias.

La Biblioteca de Mazarino fue vendida por el Parlamento de París durante los disturbios de la Fronda (1648-53), y Naudé compró muchos de los libros de medicina; la reina Cristina invitó a Naudé a Estocolmo, donde bailó en los entretenimientos de la corte durante la primera mitad de 1653. Fue además compositor aficionado y su participación en la corte sueca está documentada por una pieza suya titulada "Galliard Mons: Nau ae" (Naudé). Otras danzas que llevan la adscripción 'Noë' son, posiblemente, suyas o de Stephen Nau. Sus correspondencias incluyeron al musicólogo italiano Giovanni Battista Doni (1593-1647), conocido por haber cambiado el nombre de la nota 'Ut' (C) por 'Do'.

No fue feliz en Suecia, y ante la apelación de Mazarino para que volviera a formar su biblioteca dispersa, Naudé regresó inmediatamente. Pero su salud estaba quebrantada, y murió en el viaje en Abbeville el 10 de julio de 1653. El amigo de Gui Patin, de Pierre Gassendi y de todos los pensadores liberales de su tiempo, Naudé no era un simple ratón de biblioteca; sus libros muestran huellas del espíritu crítico que le hizo un digno colega de los humoristas y académicos que prepararon el camino para los escritores más conocidos del siglo de Luis XIV. La primera edición de sus trabajos acerca de la magia, ciencias medievales, así como la historia de su aprendizaje y de su educación, se publicó en 1625. Su obra, de1690 fue la última publicación de su vida. En sus escritos defendió a personajes tan conocidos como Merlín, Nostradamus, Roger Bacon y Paracelso de la grave acusación que se les hacía al tacharles de magos. Se dedicó al estudio de la magia y la clasificó en cuatro categorías: magia blanca, magia negra, magia divina y magia natural (ésta última incluía las ciencias, y la química). Publicó, asimismo, una estudiada obra sobre las revelaciones de los misterios filosóficos y herméticos de los Hermanos de la Rosacruz