Su formación cultural, religiosa y musical tuvo lugar en la schola acolytorum de la ciudad, donde pudo gozar de la protección del entonces obispo auxiliar Alberto Valier, de cuyo apoyo se benefició durante mucho tiempo. Antes de llegar a Venecia publicó dos libros de "Affetti amorosi"; el primero para tres voces, ‘trabajos juveniles’ ofrecidos a sus mecenas venecianos Giacomo y Andrea Morosini, el segundo para una, dos y cinco voces, ambos con continuo. Algunas de estas piezas contienen "música de batalla", con los violines imitando trompetas y tambores militares; Monteverdi y Alessandro Grandi imitaron este estilo, y Monteverdi lo aprendió posiblemente de Negri. El título del primero: “Affetti amorosi a tres voces” con su bajo continuo (Venecia, 1608), en sí mismo constituye una declaración de intenciones estéticas y estilísticas, ya que subraya -a través del término «affetti», muy en boga en las portadas de las ediciones musicales de principios del siglo XVII- la modernidad de una escritura musical que, destinada a acentuar la expresividad de la palabra y la amplificación de sus resonancias poéticas, resuenan más incisivamente en el oído del oyente. Las 21 letras entonadas son en gran parte adespóticas (excepto dos de Battista Guarini, una de Muzio Manfredi, tres de Giambattista Marino, incluida la canción “Pur amata et rappresentanza” al final del libro); curiosamente, hasta un tercio de ellos aparecen también en la “Canzonette a tre voci” de Massimiliano y Alessandro Nuvoloni (Milán, 1608).  

Edición discográfica con obras de Marc'Antonio Negri

Negri dedicó la única otra impresión de naturaleza profana, el “Affetti amorosi libro secondo” (Venecia, 1611) a Carlo Belegno como un signo de 'servidumbre divota' (pero dos piezas están expresamente dirigidas a Andrea y Giacomo Morosini); es comúnmente considerada la primera colección veneciana de monodias y dúos profanos, géneros llevados luego a la madurez en la Serenissima por dos ilustres colegas de Negri en S. Marco, Alessandro Grandi y Claudio Monteverdi. Sin embargo, estrictamente hablando, el libro tiene poco que ver con el clima artístico de la laguna, ya que fue compilado durante el período veronés.  Negri abrazó con entusiasmo la poesía de Giambattista Marino; pueden atribuirse a este autor todos menos dos de los textos en su segunda publicación. Predominan las rimas osculatorias de Marino (algunas musicalizadas aquí por primera vez), es decir, de un autor también querido por el 'veneciano' Monteverdi. Las primeras 16 piezas son once, la última de las cuales (“Udite, lagrimosi apirti” de “Il Pastor fido” de Guarini) lleva la firma de Lucia Quinciani, discípula de Negri, que falleció justamente el año de la publicación. 

La música de Negri para voz sola contiene ocasionales cromatismos conmovedores y extensos embellecimientos cadenciales dentro de un estilo global tipo canzonetta en el que las líneas vocales y las de bajo tienden a moverse juntas; los motivos rítmicos son similares a los encontrados en las canzonettas polifónicas de la era, en lugar de las monodias  declamatorias procedentes de Florencia. En sus madrigales de cinco partes Negri aprovechó eficazmente las texturas de solo y dúo posibilitadas por el continuo sostenido. Incluido en el segundo libro de Affetti hay tres sonatas para dos violines y continuo y cinco sinfonías, con la misma partitura que puntúa un diálogo pastoral. El 22 de diciembre de 1612 asumió el cargo de tenor y vicemaestro di cappella en San Marco, Venecia,  con un sueldo de 80 ducados.  En 1613, tan pronto como asumió este cargo, mostró públicamente su gratitud a su protector Alberto Valier, que mientras tanto se había convertido en titular de la diócesis de Verona, dedicándole "Il primo libro delli salmi a sette voci" con bajo para el órgano, su primera obra sacra. 

Desde fines de 1613 tuvo como superior directo a Claudio Monteverdi, nombrado mestro di cappella, quien trabajó tenazmente para que la basílica de los dogos (una treintena de cantores, dos organistas y un puñado de otros instrumentistas de viento y cuerda, cuyo número podía aumentar mucho en las solemnidades) recuperara la eficiencia del siglo anterior y renovó las glorias musicales. Negri se adhirió de inmediato a la policoralidad de S.Marcos: los citados “Salmos a siete voces” así lo atestiguan. En 1616 Negri obtuvo el monasterio de S. Michele en la isla de Veglia en Dalmacia (hoy Krk en Croacia) del dux Giovanni Bembo, y de los fiscales de S. Marco la dispensa del servicio de canto en las solemnidades menores, sin perjuicio de la obligación para suplir las ausencias de Monteverdi. 

El 30 de abril de 1619 renunció a S. Marco; Alessandro Grandi fue llamado para reemplazarlo como vicemaestro el 17 de noviembre de 1620. Mientras tanto, Negri había enviado a la imprenta su segunda obra sacra, la “Cantica spiritualia in missis et vesperis solemnbus senis vocibus et organis concinenda” (Venecia 1618), un homenaje a la familia del dux que le había concedido el título de abad. El mismo año surgió un conflicto de competencias entre Negri y Gasparo Locadello, jefe de la compañía de cantores de S. Marco: este último argumentó que no correspondía al vicemaestro sino a él mismo, elegido por sus colegas, la responsabilidad. de guiar las representaciones fuera de la basílica. La cuestión, presentada ante el dux Marcantonio Memmo en agosto, fue efectivamente fallada en  favor de Locadello. Negri murió antes del 3 de octubre de 1624, fecha en la que se nombró a su sucesor en Krk.