El nombre de la familia, de origen veronés, es normalmente reportado en la forma 'Negri' en la documentación coetánea de esa ciudad. Ya el tío abuelo Orazio fue cantante primero en la capilla de la catedral de Verona, luego en la del príncipe elector de Munich de Baviera (1609-10); el padre Giacomo fue cantor y maestro di cappella en la corte palatina de Neuburg sobre el Danubio desde principios de 1619, y desde 1624 en Düsseldorf, luego en Bonn-Colonia y tal vez en Viena. A los 7 u 8 años se trasladó a Venecia con su padre, probablemente uniéndose al séquito del duque Wolfgang Wilhelm del Palatinado-Neuburg, de quien era maestro di cappella. Se instaló en el palacio de Giacomo Soranzo, parte de una ilustre casa veneciana; incluso después el noble y otros miembros de la misma familia fueron sus protectores y mecenas. A juzgar por la calidad de sus obras, y por los no pocos de sus autógrafos conservados, este noble ambiente debió asegurarle también una excelente educación e instrucción general; sus maestros de órgano y composición no han sido determinados.

Edición discográfica con obras de Massimiliano Neri

En 1644 fue nombrado organista en la iglesia conventual de los Ss. Giovanni e Paolo y, unos meses más tarde, en la iglesia ducal de San Marcos; de los documentos marcianos parece deducirse que, al principio destinado al primer órgano, pronto fue rebajado al segundo, tal vez para respetar la antigüedad de servicio del otro organista, Francesco Cavalli (que entró a formar parte de la capilla como niño cantor ya desde 1617, y como segundo organista desde 1630). En 1648 Giacomo Soranzo, el dedicatario de sus Op 1, le otorgó una pensión vitalicia que era casi igual a sus ingresos en San Marco.

A partir de 1655 fue 'maestro de coro' del Ospedaletto, uno de los cuatro principales hospitales (u orfanatos) de Venecia. Los autógrafos conservados muestran que en 1660-61 estuvo involucrado en la reconstrucción de las partes utilizadas para la ejecución musical en la iglesia anexa, es decir, el ambón elevado y el órgano. Puede haber sido el profesor de Carlo Grossi, que lo sucedió en SS Giovanni e Paolo. Neri fue elevado a la nobleza por el Emperador de Habsburgo Ferdinand III en 1651, cuando también parece haber visitado Viena, posiblemente para el matrimonio del emperador (Neri estuvo ausente de Venecia durante tres meses desde mediados de abril).

En 1658 fue director musical de las ejecuciones musicales en la iglesia del convento de Santa Caterina, para la fiesta de la santa; pero fue procesado ante el Concilio de Diez por permitir que continuaran las Vísperas en Santa Caterina hasta una hora más allá de 'media noche' (es decir hasta las 8 p.m.), no respetando la normativa vigente respecto del ordenamiento veneciano, por lo que el músico fue juzgado, condenado y encarcelado brevemente, pero absuelto a causa de que entraba en conflicto con las obligaciones en San Marco.

Mientras tanto había mantenido vivas sus relaciones con las cortes alemanas de observancia católica, heredada de sus predecesores, en especial la de Bonn-Colonia, donde el tío Giuseppe era cantante, y la imperial: en 1654 dio clases de órgano y clavecín a Gaudenz Groll, un importante cantor de la Capilla de Bonn-Colonia; en 1651 estuvo en Viena para presentar al Emperador Fernando III su segunda obra, una colección de sonatas impresas ese año; fueron ejecutadas por el entonces maestro de la capilla imperial, el veronés Antonio Bertali, como él autor de importante música instrumental. En la temporada de ópera veneciana de 1651-52 fue el garante del contrato de la cantante florentina Caterina Giani para algunas actuaciones en el teatro Sant'Apollinare. En ese año se pusieron en escena "La Calisto" y "L'Eritrea" de su colega marciano Cavalli, en las cuales la cantante interpretaba respectivamente las partes de Calisto y de la segunda mujer, Laodicea. En 1654 el compositor se casó con la cantante, que más tarde le dio al menos ocho hijos (seis en Venecia, y al menos dos en la siguiente estancia en Alemania); fue quizás su alumna de composición, pues parece poder identificarla con la 'Catar: Giani' autora de un motete ("Liebster Jesu, traben Leben") fechado en 1663.

Singular testimonio de la estimación que disfrutaba entonces Neri en Venecia y afuera es una carta enviada por Paolo del Sera (agente de los Médicis en Venecia) a la corte del gran duque de Toscana, que originalmente debía acompañar el envío del prólogo de una ópera de Cavalli (debía tratarse de "Ipermestra", luego representada en Florencia en 1658 tal vez con dicho prólogo, que no se conserva), y en vista de la demora de Cavalli envía en cambio 'una composición del señor Massimiliano Neri maestro muy estimado no sólo aquí, sino también en la corte del emperador' (Venecia, 20 de noviembre de 1655).

La parte más significativa de la producción musical de Neri está constituida por las composiciones para complejos de 3 a 12 instrumentos, contenidas en dos colecciones publicadas en Venecia en 1644 y en 1651. También merecen mencionarse dos motetes contenidos en la "Sacra corona" publicada por Bartolomeo Marcesso (Venecia, 1656) y el único motete transcrito por Carl von Winterfeld de la colección a 2-3 voces (Venecia. 1664). Las copias originales de las colecciones mencionadas, conservadas en copia única en la Biblioteca de la Universidad de Wroclaw, fueron destruidas en parte en los bombardeos de la Segunda Guerra Mundial.

En los frontispicios de estas ediciones, Neri se declaraba miembro de la Academia bresciana de los Erranti, y en las dos primeras aparece su nombre académico, 'L'Affaticato'; en los años de la formación de Neri (alrededor de 1620-40), esa academia promovió una notable actividad musical, bajo la dirección de un estimado organista y compositor local (también conocido en las cortes germánicas del ámbito imperial), Francesco Turini, autor de música instrumental y de una colección de misas a menudo citadas por la ajustada elaboración contrapuntista; en ausencia de documentación, se puede suponer que Turini fue uno de los maestros de Neri en el órgano y la composición. Aunque a la mayoría de las obras de Neri les faltan algunas partes, está claro que su logro como compositor de música instrumental fue considerable.

Viajó a Colonia durante la primavera de 1663, y en el verano de 1664 entró allí en el servicio del elector como organista y Kapellmeister; no hay datos precisos sobre esta nueva actividad, ya que fue pagada directamente del capital privado del príncipe-obispo. Estaba en busca de una nueva posición en Bonn (donde su hermano, Giuseppe, era canónigo) cuando murió, según se creía antes, en 1666. Sin embargo, un informe de documentos venecianos recientemente descubiertos establece que Neri todavía estaba en el empleo del Elector de Colonia en 1670. de hecho, en 1666 se encontraba entre los miembros de una comisión reunida para elegir al organista de la catedral de Bonn. En 1670, en un documento firmado en Venecia, renunció al vitalicio que le había asignado Giacomo Soranzo por vía testamentaria, a cambio de una sustancial suma de dinero pagada por los herederos. Este último documento es probablemente previo a su muerte, si se tienen en cuenta algunos de los pagos realizados por el Príncipe de Bonn-Colonia a la viuda de un Negri (quizás la misma Caterina Giani), efectuados a partir de octubre de 1673.