El 23 de enero de 1595 fue nombrado Informator choristarum (y probablemente también organista) en Magdalen College, cargo que conservó hasta el año de su muerte. Recibió el grado de BMus de Oxford en 1596. En 1626 se convirtió en el primer maestro de Música Praxis bajo la fundación de William Heyther (la posición fue posteriormente incorporada a la de profesor de música). Ocupó esta posición en la universidad hasta su muerte.

Las composiciones existentes de Nicholson, aunque pocas en número, abarcan muchos de los géneros más importantes del periodo. Su mejor obra es "When Jesus sat at meat", un extenso consort anthem con acompañamiento de viola para la fiesta de Santa Maria Magdalena. Como su full anthem "O pray for the peace of Jerusalem" se conserva en una importante colección de partituras que forma parte de la colección original de libros de música de la Escuela de Música donados por Heyther en 1626. Otro consort anthem con partes de viola, "O Lord, consider my distress", sobrevive en los manuscritos de la Escuela de Música. La música de Nicholson sólo sobrevive en manuscritos, y algunas obras son de atribución incierta. . .
La composición más interesante de Nicholson es un ciclo de madrigales para tres voces basados en el popular romance Isabelino de Joan y John. En 11 secciones distintas, el ciclo trata su enamoramiento, la enfermedad y muerte aparente de Joan, su recuperación y su felicidad subsiguiente. Desgraciadamente sólo dos de las tres partes de voz de esta curiosa obra han sobrevivido. No hay ninguna conexión musical entre este ciclo de madrigales y la consort song del mismo título.

Las composiciones de Nicholson, en particular sus consort songs, muestran que era un compositor con un don para la melodía y una técnica que raramente podía fallar. Aunque su música parece haber disfrutado sólo una circulación limitada, el hecho de que contribuyó a "Triumphes of Oriana" de Morley sugiere que incluso en esa época temprana era tenido en alta consideración por su contemporáneos.