Johann Jacob estudió teología, filología y música en las universidades de Helmstedt y Wittenberg y en 1670 se hizo Kantor del Gymnasium de Osnabrück. El 1 de agosto de 1679, recibió en Lübeck el Kantorat en Katharineum como sucesor de Samuel Franck (1633-1679). Este cargo fue remunerado con 300 marcos y alojamiento gratuito y se encontraba en el ranking de la escuela en el tercer lugar después del Rector y el Vicerector. Fue responsable de la enseñanza de latín en tercero y segundo grados, así como de las clases de música y la práctica musical en toda la escuela. Vinculado a este estaba el puesto de Kantor en la Marienkirche. Debido a la clásica división de labores entre Kantor y organista, Pagendarm se situó como músico a la sombra de Dietrich Buxtehude que, en St. Marien desde 1668 tuvo un lugar mucho más honorable de organista y Werkmeister. Sus tareas domésticas se limitaban a la dirección coral en la iglesia y a las instrucciones del canto congregacional. Cuatro veces al año se celebraba con el coro una música trimestral en las otras iglesias principales. Es cierto que Johann Sebastian Bach conoció a Pagendarm durante su visita a Buxtehude en 1704/1705.

El puesto de organista era más importante en Lübeck que el de Kantor, y de hecho la principal fuente de ingresos de Pagendarm fue como Kantor (enseñando latín, teología y música) en la Katherineum Lateinschule. Pagendarm también fue historiador de la música y numismático y tenía una conocida colección de monedas. Pagendarm tuvo dos hijos conocidos, el clérigo Hermann Heinrich Pagendarm y el teólogo Johann Gerhard Pagendarm. “Pagendarms Hauptwerk” fue su libro de coros en el himnario “Lübeckischen” de 1703. En 1705 proporcionó sus 303 himnos con oraciones simples y podría haber preparado para el uso de los coros cuatro libros de partituras, que fueron escritos por los maestros de aritmética Christian Partike y Walter Möllrath y han sobrevivido hasta nuestros días.

Sólo una de sus otras obras concertadas todavía se conoce hoy en día; se ha conservado como un manuscrito de la colección de la Biblioteca Sherard Bodleian, una colección para el Salmo 35: “Befiehl dem Herrn deine Wege” para soprano, bajo y bajo continuo en el estilo veneciano de Legrenzi, Castello y Rovetta, que era popular en Lübeck en ese tiempo. Dado que los gustos musicales cambiaron rápidamente, las piezas escritas en estilo veneciano pronto pasaron de moda. Esto llevó hasta hoy a la lamentable destrucción de la obra. Por el relato contemporáneo de un sucesor, Caspar Ruetz (1753), sabemos que el material no deseado se utilizó para encender un horno.