Segundo hijo del matrimonio de Giovanni Battista Pandolfi y Verginia Bartalini. Su padre era servidor de monseñor Silvano Cocconi (notable jurista y literato de noble familia, cercana al cardenal Carlo Borromeo), en cuyo séquito se había trasladado a Montepulciano desde Isola della Scala. Su madre era viuda de Mario Mealli, de quien tuvo dos hijos, Lorenzo y Giovan Battista; en 1623, este último, entre ocho y nueve años, fue conducido por Antonio Taroni como cantante castrado a la corte de Cracovia. Del segundo matrimonio nacieron cuatro hijos: Maddalena, Domenico, Santi y finalmente Antonio, que nació después de la muerte de su padre en enero de 1629. Poco después, Domenico, con Lorenzo y su madre, se reunió en Venecia con Giovan Battista Mealli, castrado que para entonces se había convertido en cantante en San Marcos: también aquí Domenico fue inmediatamente 'puesto en ejercicio', no se sabe en qué papel.

Hacia 1655 estaba viviendo en Messina, donde era conocido como 'Giovanni Antonio (nombre adoptado al hacerse clérigo) Pandolfi maestro tutor de violín y el mejor violinista de la ciudad' y después (1659 a 1660) todavía como 'Juan Antonio Pandolfi, violinista de la Capilla Real' en la Corte española en Madrid. No hay otra noticia hasta febrero de 1660, en que es mencionado como 'Johann Anthonio Mealli', violinista de la Innsbrucker Hofmusik y estaba entre los instrumentistas del Archiduque Ferdinand de Austria; su nombre aparece en el frontispicio de dos colecciones de "Sonate a violino solo per chiesa e camera", las opus III y IV, ambas publicadas en Innsbruck con la calificación de 'músico del Serenísimo Ferdinando Carlo, archiduque de Austria' (gobernador del Tirol) y dedicadas, respectivamente, a la archiduquesa Anna y a Sigismondo Francesco de Austria, hermano menor del archiduque. Estas sonatas se caracterizan por efusiones rapsódicas improvisatorias sobre simples acompañamientos de continuo. Aunque requieren considerable destreza manual nunca exceden la quinta posición. La designación ‘per chiesa e camera' hace pensar en un estilo de uso múltiple, y las 12 sonatas llevan dedicatorias, algunas para músicos famosos tales como Antonio Cesti, entonces ‘maestro di cappella della camera’ de Innsbruck. No hay rastro de las obras anteriores I y II. En el mismo año el nombre de 'Giovanni Antonio Mealli' aparece en los documentos relativos a los músicos de cámara de la corte del Tirol, que habría dejado el 15 de febrero. Por la evolución del nombre debemos asumir que Pandolfi habría entrado en la religión y adoptado (quizás por intereses de herencia) el doble apellido, que luego dejó.

Edición discográfica de "Sonate cioè Balletti..." de Giovanni Antonio Pandolfi - 1669

En 1669, como ‘D. Gio. Antonio Pandolfi' (su único apellido paterno), el músico reapareció como autor de una nueva colección de música instrumental, editada en Roma ("Sonate cioè Balletti, Sarabande, Correnti, Passacagli, Capriccetti e una Trombetta a uno e dui violini con la terza parte della viola a beneplacito"), con la calificación de músico instrumentista de violín en la capilla senatorial de la catedral de Messina. La colección de 1669 es notable por su elección de instrumentación: además de la ‘terza parte della viola a beneplacito' (realmente esencial), el continuo especificado es órgano, un instrumento de cámara común pero casi nunca mencionado, como aquí, en relación con las danzas. La dedicatoria se refiere a interpretaciones en una academia.

Aquí fue partícipe de una de las etapas más prósperas de la ciudad, pero también tuvo que ver la próxima y rápida decadencia: cuando, el 21 de diciembre de 1675, se vio obligado a huir por homicidio, el conflicto franco-español por el control de la ciudad estaba en marcha. El crimen tuvo lugar en la catedral al pie del primer coro, y la única mención explícita en la que aparecen los nombres de la víctima y el asesino, dice que Pandolfi, 'sacerdote del Monte Pulciano', habría sido provocado por largo tiempo por el cantante romano Giovannino Marquett 'impertinente secular y eunuco', hasta que, apoderándose de la espada del rival, lo golpeó. El provocador debía pertenecer, tal vez por adopción, a la importante familia del senador Marquett (o Marchett), que se había predispuesto abiertamente contra España, circunstancia apoyada con su vestimenta 'a la francesa': de hecho, los revoltosos locales habían acogido a los rescatadores franceses adecuándose a su moda, a diferencia de los leales como Don Giovanni Antonio Rocca principe de Alcontres, el dedicatario de las Sonatas de Pandolfi.

Con respecto a los acontecimientos que siguieron a la huida de Messina, la fuente mesinesa se refiere a una estancia temporal en Francia, mientras las actas de Madrid acreditan una en Catania; en Madrid don Juan Antonio Pandolfi prestó servicio como 'músico de violín' en la capilla real el 1 de abril de 1678, permaneciendo -con viajes frecuentes a Roma, tal vez en el séquito del nunzio pontificio Savo Mellini- hasta 1687. No existen más noticias de Pandolfi después de 1687, posible año de su muerte.

De sus obras se conocen las impresiones de las sonatas de 1660 y de 1669; una copia de la sonata N° 2 del Op. III con atribución a Antonio Bertali en el llamado Partiturbuch de Jakob Ludwig de 1662. La colección 1669 está compuesta por 18 composiciones: a seis "Capriccetti a tre parti" siguen ocho piezas para dos violines y bajo (una Sarabanda, cinco Balletti, una Trompeta y un Passacaglio ) y un "Balletto e tre Capriccetti a violino solo e basso". En las tres obras, de acuerdo con un uso contemporáneo profusamente documentado sobre todo en publicaciones instrumentales de músicos lombardos, las piezas solas llevan el nombre de personajes cercanos al autor. De las sonatas del Op. III la primera está dedicada a Benedetto Stella, prior cisterciense oriundo de Civita Castellana, hombre de letras, científico y músico; la segunda está dedicada a Antonio Cesti; la tercera a Atto Melani o quizás más probablemente al violinista y compositor Antonio Melani; las últimas tres a cantantes de la compañía tirolesa de Cesti: Paolo Castelli, Clemente Antoni y Pompeo Sabbatini. En el Op. IV, la primera sonata está dedicada a Gioseffo Bernabei, la segunda, tercera y cuarta a otros cantantes de teatro activos con Cesti, Antonio Viviani, Filippo Bombaglia (llamado 'Monello') y Giovanni Giacomo Biancucci; la Op. V está dedicada también a Benedicto Stella y la última a una noble dama de Perugia, Teodora Vincioli.

Las composiciones mesinesas también son llamadas con nombres de colegas de la capilla; allí se reconocen, en orden jerárquico, maestros, vice-maestros, organistas, primeras voces hasta simples instrumentistas: Vincenzo Tozzi, 'Candeloro' (alias Bernardo Storace), Antonio Drago, Michelangelo Falvetti, Placido Cara, Filippo Muscari, Agostino Folcognoni ( primer soprano), Francesco Ferrotti, Giuseppe Giusto, Pietro Lo Giudice, Nicolangelo Trinci, Giovannino Marquett (una de las sonatas más amplias de la colección, lleva el nombre del cantante que más tarde sería muerto por Pandolfi), Giuseppe Monforti, Pietro Raimondo, Pietro Maurizio; la brevísima "Sarabande" está dirigida al portero de la capilla Domenico Micari, y la 'trompeta' llamada Spata Fora se titula por el príncipe Francesco Spatafora.