Construyó o renovó, entre otros, órganos para las iglesias de Steyr (1613), Enns (1615) y Horn (1606 y 1615). También construyó un instrumento de dos teclados para la iglesia de la Abadía Cisterciense de Wilhering, Austria Superior (1619). Ninguno de estos instrumentos ha sobrevivido, aunque de nuestro conocimiento de la especificación de los últimos nombrados podemos concluir que sus órganos eran del tipo ‘werkprinzip’. En 1625 tuvo que huir de Steyr como refugiado religioso, después de lo cual nada más se sabe de él.

Peuerl publicó cuatro colecciones de sus propias composiciones mientras estaba en Steyr. Su nombre está ligado sobre todo con la creación de la suite con variaciones. Todavía debe investigarse para conocer antecedentes sobre esta forma, que posiblemente incluye música italiana para laúd de comienzos del siglo XVI y las variaciones de los virginalistas ingleses; la forma fue pronto adoptada por Schein, Posch y otros. Las suites de Peuerl consisten en cuatro danzas: paduana, intrada, ‘danza' y galliarda. La ‘danza' (‘Däntz ') es el tema básico; los otros tres son variaciones sobre esta, siendo la paduana la más próxima a aquella y la intrada y galliarda más distantes.

Peuerl, como H. L. Hassler, Aichinger, Schein y otros, fue uno de los pocos compositores alemanes del periodo Barroco temprano en componer canzonas instrumentales italianizadas. También fue el primer compositor alemán en escribir (en su volumen de 1625) para la textura italiana de dos instrumentos de melodía y continuo. En alguna medida sus canciones (1613) siguen adaptaciones alemanas tradicionales de formas italianas como madrigal y balletto, pero también vuelven al tema de las canciones de la corte y Bergreihen de la Alemania del siglo XVI.