Estudió con Gregor Aichinger y Christian Erbach en Augsburgo y con Antonio Cifra en Italia. Su primera publicación, en 1614, lo describe como organista del Obispo de Gurk, Austria; la dedicatoria (que está datada en 1611 - posiblemente un error de imprenta) afirma que su contenido se había interpretado en privado en la casa del obispo durante algún tiempo antes de esto, por lo que se puede suponer que él también había sido empleado allí por algún tiempo. En 1615 se trasladó a Graz como organista de la corte del archiduque Fernando II, y desde 1618 hasta su muerte fue organista y maestro de capilla del príncipe obispo Johann Gottfried von Aschhausen en la corte Würzburg y dio a la orquesta un perfil único. Con la invasión de Gustavo II Adolfo de Suecia en la Guerra de los Treinta Años terminó poco después de la muerte de Pfendner en 1632 el primer apogeo de la Orquesta Filarmónica.

Pfendner, un prolífico compositor de música de la iglesia en latin, fue uno de un importante grupo de compositores alemanes del sur y austriacos que a principios del siglo XVII desarrollaron la forma del motete concertante para pocas voces creado por Viadana; al hacerlo, estaba sin duda inspirado por su formación en Italia y por Aichinger. Su volumen de 1614 es importante ya que, además de las del propio Aichinger, fue una de las colecciones de motetes más tempranas con bajo continuo  publicadas por un compositor alemán. De los motetes en esta colección y en tres libros posteriores (1623-30) algunos incluyen partes instrumentales independientes, y también hay una "sonata a Cappriccio" para tres instrumentos y bajo continuo que se basa claramente en el patrón canzona muy utilizado por los compositores italianos, incluyendo a Cifra. La escritura vocal de Pfendner muestra otras influencias italianizantes, como el uso del diálogo y la forma de refrán o de rondó, donde el estribillo suele ser en el tiempo triple y los pasajes intermedios son en un estilo típico de dúo, con progresiones en terceras paralelas. Puso los textos con imaginación. Prefería un enfoque básicamente silábico que reforzaba por medio de una cierta cantidad de escritura adornada, variedad rítmica y textural, frases cortas contrastantes y una concepción cada vez mayor de la función del continuo como un elemento separado, importante del conjunto. Las dos canzonas para órgano son  seccionales y emplean frecuentes cambios de métrica; ambas muestran típica configuración de teclado de principios del siglo XVII y contienen armonías variadas.

Fue el primer compositor alemán en escribir sus composiciones de iglesia sin el canto gregoriano como un elemento formativo de composición estilística, pero este siendo retirado como una alusión o entonación. Las obras musicales de Pfendners son principalmente orquestales.