El colegio en este momento recibió a muchos tales refugiados y estaba en duros aprietos financieros. Pero tuvo un protector poderoso en el cardenal Alessandro Farnese, que se volvió patrocinador de Philips durante los tres años siguientes. Philips continuó actuando como organista para el colegio al mismo tiempo, y en 1585 el nombramiento de Felice Anerio como maestro di cappella parece haber confirmado la dirección de los estudios del joven. Más tarde incluyó música de Anerio y de Palestrina en sus propias publicaciones, y su estilo siempre permaneció profundamente endeudado con la tradición romana conservadora.

El 22 de febrero de 1585 Lord Thomas Paget, un prominente inglés católico romano refugiado, llegó al colegio acompañado por dos sirvientes. Philips entró a su servicio y partió con él el 19 de marzo. Viajaron juntos durante los cinco años siguientes, visitando Génova (septiembre de 1585), Madrid (octubre de 1585) y Francia (septiembre de 1586). 1587 y la primera mitad de 1588 la pasaron en París, salvo una jornada breve en Bruselas en marzo de 1588. En junio fueron por poco tiempo a Amberes antes del zarpe de la Armada española, y en febrero de 1589 se establecieron en Bruselas. A comienzos de 1590 Paget murió, y Philips puede haber escrito la "Pavan and Galliard Pagget" en su memoria.

Philips se estableció en Amberes en 1591 y se mantuvo enseñando virginal a los niños, siendo muy hábil en este instrumento. El 26 de mayo del mismo año se casó con Cornelia de Mompere en la catedral. Su esposa murió en julio de 1592, dos meses después del nacimiento de su hija Leonora, que fue bautizada el 7 de junio de ese año. El padrino de Leonora fue Cornelis Pruym, un patrocinador notable de música que tenía contactos con Hubert Waelrant, Emanuel Adriaensen y Cornelis Verdonck, a quienes empleó durante 20 años. A través de tales conexiones Philips aseguró su entrada en la vida musical y artística de Amberes, de lo que da testimonio la selección de compositores flamencos representada en su primera publicación, "Melodia olympica", editada por Phalèse en 1591. Es una gran antología de madrigales italianos revisada por Philips, e incluyendo cuatro de sus propios madrigales.

Philips visitó Ámsterdam en 1593 ‘para ver y escuchar a un hombre excelente por sus facultades'; este era sin ninguna duda Sweelinck, que compuso un juego complementario de variaciones sobre la pavana de Philips de 1580 y era tenido en alta consideración por Philips.

Un inglés, Roger Walton, lo denunció a las autoridades holandesas como habiendo estado envuelto en una conspiración contra la vida de la Reina Elizabeth. Philips, Walton y otro acusado, Robert Pooley, fueron arrestados y llevados a La Haya para el interrogatorio y para esperar informes de Londres. Se hicieron preguntas con la ayuda del embajador inglés suplente, George Gilpin. Mientras estaba en prisión Philips compuso la "Pavan and Galliard Dolorosa" (el manuscrito lleva la inscripción 'composta in prigione'). Las averiguaciones exoneraron a Philips; fue soltado y se le permitió volver a Amberes antes de Navidad.

El primer libro de Philips de madrigales de seis partes se publicó en 1596. Por entonces Philips estaba volviéndose cada vez más conocido, y obras suyas solas aparecieron en muchas colecciones impresas durante los siguientes 40 años o más. En 1597 el Archiduque Albert admitió a Philips como miembro de su residencia, como esta atestado en el certificado de residencia en Bruselas, fechado el 4 de agosto.

Philips se ordenó sacerdote el 24 de marzo de 1609, y la entrada en el Archief Aartsbisdom Mechelen, describiéndolo como ‘Petrus Philippi, beneficiatus nostrae diocesis’ sugiere que había tomado en algún momento antes las órdenes menores. Su serie subsiguiente de prebendas en Soignies, Tirlemont y Béthune eran así técnicamente legítimas, aunque no hay ninguna evidencia de que haya vivido en alguno de estos lugares, ni que incluso funcionara como sacerdote.

Las primeras composiciones sacras impresas de Philips fueron tres motetes en la segunda y tercera partes de la antología "Hortus musicalis" de Herrer (1609). En el intertanto sus servicios como intérprete de órgano habían sido muy demandados. Había viajado a Malines en 1611 con otros de la capilla real para inspeccionar el nuevo órgano de allí y tocar en los servicios de Pascua; después personalmente aprobó la restauración de Langhedul del órgano de la capilla real en Bruselas (30 de diciembre de 1624). Su fama estaba en su máxima altura en esta segunda década del siglo XVII.

El. 25 de enero de 1621 Philips intercambió su prebenda de St Vincent por una capellanía perpetua en St Germain, Tirlemont. Según la página de título de su siguiente publicación, "Litaniae Beatae Mariae Virginis" (Amberes, 1623), también fue canónigo de Béthune.

El Archiduque Albert murió en 1621, y el 12 de marzo Philips encabezó la procesión de capellanes de la capilla real en el cortejo fúnebre. Su última publicación salió el año de su muerte, una colección monumental que incluye sus primeras monodias publicadas, "Paradisus sacris cantionibus" (Amberes, 1628). Esto comprende 106 motetes para uno, dos y tres voces, todos con continuo.

Pasó su madurez en los Países Bajos españoles, y por esta razón se le  ha considerado a menudo como miembro de la escuela flamenca; sin embargo en las páginas de título de todas sus publicaciones se describía con nostalgia como ‘Inglese' o 'Anglo'. Aparte de Byrd fue el compositor inglés más publicado de su tiempo.