Entró como cantante en la capilla ducal de Teodósio II, Duque de Braganza en 1624 a la edad de catorce años, donde llamó la atención del hijo de aquel, João, cuando el  futuro rey estaba estudiando música en Vila Viçosa. Con la muerte de Teodósio II en 1630, João se convirtió en el octavo Duque de Braganca. Rebelo continuó desempeñándose como músico y compositor, llegando a ser maestro de la capilla ducal en Vila Viçosa.
El 1 de diciembre de 1640 João se convirtió en el  Rey Juan IV de Portugal y Rebelo fue transferido a la capilla real, donde continuó fomentando el interés del Rey en la música y sus dotes de compositor. En 1646 Rebelo fue hecho noble, fidalgo-cavaleiro de la Casa Real. Después fue elevado a comandante de la Orden de Cristo, una posición con significativos beneficios financieros. Juan IV honró también a Rebelo publicando su música, y dedicando su propio primer tratado musical al compositor. El Rey Juan IV y el hermano de Rebelo, el capellán y cantante padre Marcos Soares Pereira, murieron en 1656.

Rebelo escribió una gran cantidad de música sacra, incluyendo una misa a 39 voces para el 39º cumpleaños de Juan IV. Alguna de esta música se perdió en el terremoto de Lisboa del 1 de noviembre de 1755. Las obras de Rebelo reflejan un  estilo compositivo extravagante que recuerda a Gabrieli y Moneteverdi, caso único en la música portuguesa de la época, dominada por el modelo de Tomás Luís de Victoria.

La música de Rebelo ha sobrevivido debido en parte a una disposición testamentaria del Rey que llevó a la publicación en Roma en 1657 de "Psalmi tum vesperarum tum completarum, item Magnificat, Lamentaciones, para efectivos entre 4 e 14 vozes", la mayoría de cuyo contenido son 33 obras escritas entre 1635 y 1653, incluyendo dos motetes de João IV.