También puede haber estudiado en la Catedral de Badajoz, donde trabajó como organista en 1573–77. En algún momento durante los años 1580 Rodrigues Coelho volvió a Elvas y trabajó allí en la catedral. Dejó el puesto en 1602 después de hacerse organista de la corte en Lisboa. Las obras sobrevivientes del compositor se conservan en una impresión de 1820, "Flores de musica pera o instrumento de tecla & harpa", publicada en Lisboa. La colección, dedicada a Felipe III de España, es la música superviviente impresa para teclado más antigua de Portugal. Contiene 24 tientos, 101 versets litúrgicos para órgano (kyries y música de himnos), cuatro composiciones de la versión española/Mozarabica del "Pange lingua", y cuatro tabulaciones de "Susanne ung jour" de Orlando de Lassus. Esta gran colección probablemente es una recopilación de material compuesto más antiguo.

Las composiciones más importantes de Coelho son sus tientos, que son piezas muy largas (200–300 compases en promedio) multi seccionales. El contrapunto imitativo tiene un papel secundario en ellos, considerando que la figura y la figuración motrices, sellos del estilo Barroco, están en el primer plano. El lenguaje armónico es simple y claro, en evidente contraste con los compositores italianos contemporáneos (por ejemplo. Ascanio Mayone, Giovanni María Trabaci y Girolamo Frescobaldi); las técnicas del contrapunto recuerdan a Sweelinck.

Las piezas litúrgicas de Rodrigues Coelho son menos adornadas, y generalmente emplean contrapunto más estricto. Incluyen un grupo de 23 'versets para se cantarem ao órgâo' (para cantar en el órgano), todos los cuales consisten en una línea vocal con acompañamiento de órgano.

Es el primer compositor ibérico de teclado importante desde Cabezón.