En su publicación de 1676 declara que su familia provenía de Koblenza, en el cantón suizo de Argovia y que en ese momento él era un prefecto en Illertissen, Baviera. Alrededor de 1694 era actuario al servicio del conde Fürstenberg en Mösskirch, Suabia.

Su "Missae concertate duabus et tribus vocibus absque instrumentis" (Ulm, 1676) contiene sólo típicas obras concertato para unas pocas voces. También es conocido por Coros Marianos, por ejemplo: "Die Melodyen oder Weisen über den Marianischen Reyen sambt beygefügten Ritornellen a 2 Violinen" (Überlingen, 1694), que consiste en cantos sacros característicos de los escritos en el sur de Alemania en es época; los textos son de Theobaldus.

Se menciona a un Johann Wilhelm Scheffer que llegó a Nueva York, Estados Unidos, en 1709, pero no hay constancia de que sea la misma persona.