Fue un destacado estudiante. En 1603 estudió brevemente en la Universidad de Leipzig y luego fue aceptado en la Schupforta cerca de Naumburgo, donde estudió musica y las humanidades por cuatro años. Schein regresó a la Universidad de Leipzig durante otros cuatro años, estudiando leyes y artes liberales.
Sus habilidades musicales fueron evidentes durante sus estudios y, luego de graduado, fue empleado brevemente por Gottfried von Wolffersdorff como director de la casa musical y tutor de sus hijos.

Posteriormente, en 1615, es nombrado kapellmeister en Weimar y el año siguiente ganó el valioso puesto de cantor de la iglesia de St. Thomas en Leipzig, un puesto que Johann Sebastian Bach ocuparía más de un siglo después. Conservaría este cargo durante el resto de su vida. Schein fue requerido para dirigir música coral en dos iglesias y para enseñar Latin y música durante unas 14 horas a la semana.
A diferencia de su amigo Heinrich Schütz, su salud era mala y no vivió una vida larga ni feliz. Su esposa murió en un parto, cuatro de sus cinco hijos no pasaron de la infancia y él mismo falleció a los 44 años de edad, afectado de tuberculosis, gota, escorbuto y una enfermedad renal.

Johann Hermann Schein

Schein fue de los primeros en absorber las innovaciones de la monodia barroca italiana, el estilo concertante, el bajo continuo, y usarlos en forma efectiva en el contexto luterano alemán.

Así como Schütz había visitado Italia en más de una ocasión, al parecer Schein pasó toda su vida en Alemania, lo que hace su asimilación del estilo italiano aún más llamativa. Su primera música concertante parece haber sido modelada sobre los "Cento concerti ecclesiastici" de Viadana, que estaban disponibles en una edición publicada en Alemania.

A diferencia de Schütz, que a prácticamente sólo escribió música sacra, Schein compuso también música secular, en aproximadamente igual proporción, y casi toda ella es vocal. En su música secular los textos le pertenecen. A lo largo de su vida publicó alternativamente colecciones de música sacra o secular, siendo una de ellas “Banchetto Musicale”.

En tanto que algunas de sus músicas sacras usan la más sofisticada técnica de los madrigales italianos para un propósito devoto, algunas de sus colecciones seculares incluyen temas como canciones de bebida de una sorprendente simplicidad y humor. Algunos de sus trabajos alcanzan una intensidad expresiva lograda en Alemania sólo por las de Schütz, por ejemplo, la espectacular “Fontana d'Israel”, o “Israels Brünnlein” (1623), en la que Schein declara su intento de agotar las posibilidades del madrigalismo en lengua alemana, al estilo del madrigal italiano.

Posiblemente, su colección más famosa sea la de música instrumental, “Banchetto Musicale” (banquete musical) (1617), que contiene 20 suites instrumentales que se consideran entre las primeras y más bellas representativas de la forma musical. Probablemente fueron compuestas como música para la cena de la corte de los Weissenfels en Weimar y pensadas para ser interpretadas con cuerdas. Las suites de Schein incluyen danzas como “Pavana” y “Gallarda” (combinación habitual en el Barroco temprano), una “Courante” y luego una “Alemanda–Tripla”. Fue uno de los primeros músicos que importó las innovaciones estilísticas italianas en la música alemana y uno de los compositores más perfeccionados de su época.