Nacido de padres alemanes, fue bautizado en la Iglesia Reformada y educado musicalmente en su ciudad natal. Parece que Schenck pasó allí la primera parte de su carrera y publicó sus opus 1 a 4. Nada se sabe sobre sus maestros, pero se estableció como un renombrado virtuoso intérprete de viola da gamba. Sus composiciones incluyen la música para un Singspiel holandés, "Bacchus Ceres en Venus" del que se publicaron canciones en 1687, así como obras para viola da gamba. Mientras sus opus 1 a 5 incluyen música vocal secular y sacra, así como un volumen de sonatas trío, empezando con el opus 6 (Scherrzi musicali) escribió exclusivamente música de cámara instrumental, y la mayoría de ella para su propio instrumento, la viola da gamba. En las sonatas de “L’Echo du Danube" es fácil escuchar la fuerte influencia de las sonatas italianas de violín de Arcangelo Corelli.

Edición discográfica de obras para viola da gamba de Johannes Schenck

Disfrutando de una amplia reputación como intérprete, alrededor de 1696 aceptó un nombramiento en Düsseldorf en la corte del Elector Palatino Johann Wilhelm II, conocido como Jan Wellem, que gobernó allí desde 1679 hasta su muerte en 1716, estableciendo una corte que deseaba rivalizar con la magnificencia artística de Versailles. Aquí Schenck sirvió con un grupo de músicos traídos de varios países, pero continuó su asociación con el editor holandés Estienne Roger para todas sus publicaciones restantes. Se ha supuesto que él se puede haber vuelto católico siguiendo la religión de su patrón, pero no hay ningún archivo católico para el periodo probable de su muerte. Después de la muerte de Johann Wilhelm, la corte electoral se trasladó a Mannheim.

Hay un poco de incertidumbre sobre la fecha de la muerte de Schenck pues no se ha encontrado ninguna mención en los archivos  de la iglesia protestante de Düsseldorf o del cementerio de Ámsterdam. Es mencionado en un documento por el secretario Rapparini del gabinete de la corte en 1709, pero hacia 1717 su nombre había desaparecido ya de la lista de músicos de la ópera de la corte.
En su técnica para la viola da gamba siguió la tradición establecida por intérpretes de Inglaterra como Daniel Norcombe, que estaba antes empleado en la corte de Archiduque Albert en Bruselas, Henry Butler, músico y maestro de viola de Felipe IV de España y William Young quién sirvió en la corte del Archiduque Carl Ferdinand en Innsbruck. Un grabado sin fecha en Amsterdam de Peter Schenck, que alguna vez se pensó que era un hermano menor del compositor, pero al parecer sin relación, muestra al virtuoso vestido formalmente tocando de pie, con su viola da gamba de seis cuerdas descansando en un escabel, en el estilo de interpretación de la época. Como compositor su obra representa una síntesis temprana de los estilos francés, alemán e italiano.