Las obras sobrevivientes de Scherer son pocas, como es típico de esa era. Incluyen una colección de música sacra vocal (motetes, movimientos de misa y música de salmos) algo notables por la imaginativa musicalización de los textos en algunas de las piezas, catorce trío sonatas publicadas como un volumen en 1680, todas de considerable calidad, y un volumen de dos partes de música para órgano.

Esta última publicación exhibe influencia italiana, particularmente de Frescobaldi, que era típica en la tradición alemana del sur que Scherer representaba. La primera parte, escrita completamente en tablatura, se titula "Intonationes breves per octo Tonos" y contiene 32 versets cortos, cuatro para cada modo de la iglesia, por lo que cada modo tiene una intonatio prima (como toccata, con extenso uso de punta de pedal), secunda (imitativo), tertia (como toccata) y quarta (imitativo). La segunda parte contiene ocho toccatas, todas las cuales son piezas seccionales que hacen gran uso de punta de pedal y contienen contrapunto muy imitativo así como escritura libre.

Otras obras incluyen  música vocal sacra y secular; y hay evidencia que una colección de suites para laúd se publicó en Augsburgo, pero esas piezas se han perdido.