Allí trabajó como organista, maestro de capilla y compositor para el noble Magnus Gabriel De la Gardie, político y militar sueco, que llegó a ser el gobernante de facto de Suecia entre 1670 y 1682 y fue conocido por su amor a la cultura.

De regreso en Alemania llegó a ser Kantor y director de música de St Anna (que era la iglesia protestante principal de Augsburgo) en 1677 y permaneció allí hasta su muerte. En 1690, con ocasión de la coronación de Joseph I en Augsburgo, presentó una composición al padre de Joseph, el Emperador Leopold I. Fue un músico generalmente respetado y hábil. Parte de su producción fue resultado de sus obras educacionales. Por ejemplo, los dramas escolares para los que compuso música fueron representados por los alumnos de St Anna, y no hay ninguna duda que para ellos escribió sus dos obras teóricas elementales: de hecho pensó su "Compendium musicae" (1688) como un reemplazo para el trabajo de Adam Gumpelzhaimer del mismo nombre que se había usado en St Anna desde su publicación en 1591.

Schmezer escribió una serie de obras, principalmente vocales, incluyendo las dos óperas escolares. Algunas de sus composiciones vocales fueron copiadas y se encuentran en la colección Düben en Uppsala.