En 1720 partió a Lisboa, momento en que la corte portuguesa era una de las más dispendiosas de Europa con la actividad musical. Un año más tarde, en la corte lisboeta, acudió como Maestro de la Capilla Real el napolitano Domenico Scarlatti, que compartió afanes musicales con Seixas durante un lustro, de lo que resultó una influencia mutua muy provechosa.

Solicitado como profesor de música por familias nobles de la corte, fue nombrado organista de la Catedral Patriarcal y Vice-maestro de la Capilla Real. En la capital se destacó como organista, clavecinista y compositor de gran valía. Con este trabajo mantuvo a su familia de cinco hijos y adquirió algunas casas cercanas a la sede catedralicia. Murió siendo Maestro de la Capilla Real tras la marcha de Scarlatti a España en 1726.

Eidción discográfica de obras de José Antonio Carlos de Seixas

Las creaciones de Carlos Seixas poseen elegancia, suavidad e inspiración melódica. Su fraseado es de carácter irregular y asimétrico y su lenguaje armónico es claro. Sus obras se encuentran en la Biblioteca General de la Universidad de Coimbra, en la Biblioteca Nacional de Lisboa y en la Biblioteca de Ajuda. En lo que concierne a la composición, Carlos Seixas fue uno de los mayores compositores portugueses para música de tecla. Creó escuela en Portugal cultivando un estilo propio con influencias de la música italiana y francesa, que fue imitado durante algún tiempo después de su muerte.

La obra de Seixas es, en gran medida, resultado de los ambientes en que se compuso. Como organista de la Capilla de la Sede Patriarcal tenía la posibilidad de tocar, antes y después de la misa, una pieza a solo que podía ser una tocata o una sonata (ritual común en todas las catedrales de práctica católica). En aquel momento había una preferencia por las piezas de estilo vistoso y brillante. En otras partes de la ceremonia religiosa, el organista podía tocar e incluso improvisar en lugares que admitieran un solo instrumental. De esta forma, los compositores aprovechaban para dar a conocer sus composiciones o su habilidad para la improvisación. Es un hecho que las sonatas de Seixas fueron tocadas en iglesias, al menos las de carácter religioso.

Por otro lado, Carlos Seixas acompañaba al clave las fiestas cortesanas musicales en los sitios reales o en algunas casas nobles. En estos eventos tenía también la oportunidad de tocar como solista, aprovechando para tocar sus sonatas, con el objetivo de ser reconocido como concertista y compositor. Además de sus ocupaciones en la Capilla Real y la Corte, Seixas se dedicó a la enseñanza de música. Esta faceta lo obligaba a tener material didáctico diversificado, variando de alumno en alumno, en consonancia con el grado y las capacidades de cada uno, y los distintos instrumentos de teclado que poseían.

La presencia del temperamento lusitano es una constante de sus composiciones. La evolución de la estructura bipartita de la sonata para tecla hacia la estructura tripartita está presente en las sonatas de Carlos Seixas, lo que constituye una anticipación de la forma de la sonata clásica. 
Compuso alrededor 100 sonatas para clavecín y existen unas 16 que le son atribuidas. Gran parte de la totalidad de su obra se perdió, probablemente en el terremoto de Lisboa de 1755: