En 1604 solicitó sin éxito un puesto como músico de la corte en Kassel y se matriculó en la Universidad de Leipzig el año siguiente. Su primera obra conocida, "Carmen musicum" (Leipzig, 1605), fue escrita allí para una boda. Cuando publicó su "Neue liebliche Paduanen, Intraden und Galliarden" (Nuremberg, 1609), Thesselius ya estaba en el servicio del barón Carl Jörger en Aschach (cerca de Linz). Probablemente se quedó allí hasta que Jörger, miembro de una de las principales familias protestantes de la Alta Austria, fue detenido en el curso de la contra-reforma en octubre de 1620, muriendo en prisión tres años más tarde. Thesselius pasó a continuación, a través de Viena, a Siebenbürgen (Transilvania) donde fue empleado como Kapellmeister del duque Gábor Bethlen en Klausenburg (ahora Cluj-Napoca). La corte de Bethlen era un centro de actividades musicales, con músicos procedentes de Alemania, Polonia, Hungría e Italia; como el propio duque afirmaba con orgullo, un ballet mitológico, puesto en escena por su maestro de baile español Diego de Estrada en 1628, podría haber contado con la aprobación incluso de la corte imperial. Después de la muerte de Bethlen en 1629 Thesselius parece haberse trasladado a Hermannstadt (actualmente Sibiu), donde se casó y trabajó como organista en la iglesia protestante desde 1639 hasta 1643.

El volumen de 1609 de Thesselius consta de diez suites, las que él explicaba que se tocaban  como Tafelmusik en Schloss Aschach. En dos aspectos significativos son similares a las suites importantes (publicadas desde 1611 en adelante) de Paul Peuerl, que desde no más tarde del 1 de noviembre de 1609 vivió no lejos de él, en Steyr y que pueden haber llegado a conocerse. En primer lugar, cada suite se compone de una paduana, intrada y gallarda, una secuencia hermanada por Peuerl que, sin embargo, añade un movimiento adicional entre los dos últimos. Thesselius conectó temáticamente el comienzo de la cuarta suite con su final, un procedimiento que anticipaba la creación de la suite con variaciones, con el que Peuerl ha sido acreditado mucho tiempo. La textura de cinco partes de sus suites tiene su paralelo no sólo en los de Peuerl sino en las de muchos otros compositores de la época. Thesselius escribió sus suites en una amplia gama de claves y las dispuso en pares, en cuatro de las cuales las tonalidades son una quinta aparte: Re Mayor/Sol Mayor, Re menor/sol menor, Mi mayor/La menor y Do Mayor/Fa mayor; el cuarto par, en Do Mayor/Si Mayor, es la excepción.

La mayor parte de los documentos y manuscritos de música de la corte y las ciudades de Transilvania fueron destruidos durante las guerras posteriores contra los turcos, pero un motete de seis partes incompleto de Thesselius, "Wem ein tugendsam Weib bescheret", sobrevive. Una colección de "Tricinia sacra" (Viena, 1615), por la cual el Consejo de Leipzig le pagó 6 florines en 1616, está perdida.