Lo vemos en 1619 con el cargo de «infante mayor», esto es, como «mozo de coro» o músico de la catedral de La Seo de Zaragoza. A la muerte en 1620 de Diego Gascón, que fue durante diecisiete años ayudante en el órgano de Aguilera de Heredia, el cabildo permitió a éste excepcionalmente, y dada su categoría y servicios, el escogerse un ayudante para el órgano, lógicamente su mejor alumno, y éste sería Jusepe Ximénez. Su nombramiento como tal es el mejor reconocimiento de su maestro. En 1625 recibe órdenes sagradas y el cabildo le concede cargo y renta a perpetuidad.

Durante ocho años fue ayudante de Aguilera, y a la muerte de éste en 1672, pasó a organista principal, cargo en el que permanece hasta su jubilación y muerte en el mismo año. Durante estos años fue acreditando su excepcional talla de músico: juez examinador en cuantas oposiciones musicales se hacían dentro y fuera de la catedral; cuida con gran interés la conservación y aumento del órgano que tañe; compone música para órgano que Felipe Pedrell, sin conocer la personalidad de su autor, no pudo menos que calificar de notable.

Los aumentos de salario que periódicamente el cabildo le concedía hablan del reconocimiento de sus méritos, que le llevaron a ser solicitado en 1654 para el cargo de organista de la Capilla Real en Madrid. El no haber aceptado este ofrecimiento le valió, «atendiendo a su gran habilidad», el que pudiera escoger como ayudante suyo a su sobrino Andrés de Sola, que resultaría ser también importante músico, continuador de la escuela zaragozana de órgano en éste de La Seo y su sucesor.
La partida de su defunción refleja la figura y talla de Jusepe Ximénez, al decir del mismo que era «insigne organista y ejemplar sacerdote».

Se conservan 27 composiciones suyas: 8 obras o tientos, 2 batallas, unas Diferencias sobre las Folías, 8 Pange lingua y un Sacris solemniis, y 6 colecciones de versos para diferentes tonos, en manuscritos del Monasterio de El Escorial y de la Biblioteca de Cataluña.