Desde 1658 a 1674 fue maestro de capilla de la Catedral de Pamplona. Sucedió a Juan de Padilla como maestro de capilla de la Catedral de Toledo el 15 de julio de 1674 y conservó el puesto durante 32 años hasta su muerte -el período más largo que cualquier otro maestro allí antes o después.

Entre 1675 y 1702, se publicaron 18 folletos de textos de villancicos en Toledo, y él fue nombrado como compositor de la música para ellos. El 23 de junio de 1687 se unió a la Cofradía de San Acacio (un gremio de músicos) y el 24 de julio de 1688 fue responsable de encargar un nuevo órgano para el gremio. En la Catedral de Toledo el músico más notable de Ardanaz fue el arpista Diego Fernández de Huete, que llegó en 1682 y para cuyo "Compendio numeroso de zifras armonicas" (1702) Ardanaz escribió una alabanza.

Su música sobrevive en varios archivos de la iglesia y la biblioteca de El Escorial conserva una misa de réquiem y un invitatorio para 12 voces, un Magnificat y cuatro salmos de vísperas para ocho voces, y cinco villancicos del sacramento para siete a 11 voces. Existen un villancico de Pascua de Ardanaz, "Ven aurora ven", para soprano sola y arpa, y dos villancicos del sacramento, "Arroyuelo misterioso" en tres partes (analizado por Francisco Valls en su Mapa armónico) y "Oigan al embozado" en cuatro partes. El dominio del contrapunto, vitalidad rítmica y chiaroscuro armónico de sus villancicos muestran que es digno de alinearse con Sebastián Durón, Cristóbal Galán y Juan Bautista del Vado.