Nacido probablemente en Roma hacia el final del siglo XVII, manifestó desde muy joven un excepcional y fecundo talento musical. En 1690 aparece por primera vez en la asamblea general de la Compagnia dei Musici di Roma, cuando habría estado entre los 18 a 20 años de edad. Varias copias de sus cantatas están fechadas en 1696 y el libreto de su oratorio en latín, "Susanna a propheta Daniele vindicata", para la fraternidad Arcicon del SS Crocifisso, se publicó en 1698, sobre texto del canónigo G. A. Magnani; de dos años después es la "Innocenza protetta", su primer oratorio en italiano, para cuatro voces para cantarse en la Venerable compañía de San Iacopo, llamada del Nicchio. Poesía del Sig. Giacomo Buonaccorsi, oratorio realizado en Roma en 1700 y luego repuesto en Florencia en 1703. Del mismo año es el oratorio "De inopia copia" (Roma). Al año siguiente vio la luz el drama sacro "Solomone", del romano Francesco Posterla ejecutado en el oratorio del SS. Crocifisso en Roma; por una nota colocada en la portada del libro se sabe que Bencini era maestro di cappella de la iglesia alemana de Santa Maria dell'Anima desde 1703 (la iglesia no mantenía una cappella regular por lo que sólo trabajó allí en días de fiesta). En 1702 Crescimbeni incluye a Bencini entre los músicos más famosos de Roma, sugiriendo que las pocas obras que sobreviven de antes de esta fecha representan sólo una pequeña parte de su creación.

Edición discográfica de obras de Pietro Paolo Bencini

Después de esta actividad inicial, Bencini tuvo varios cargos de los cuales, sin embargo, se ignora la duración. Probablemente fue durante este periodo que Bencini llamó la atención de los embajadores del emperador, para quien trabajó después. El 28 de mayo de 1705 fue designado ayudante de Giovanni Bicilli, que había sido maestro di cappella de Santa María in Vallicella desde 1648. La muerte de Bicilli en octubre de 1705 dejó a Bencini sólo a cargo. Desde 1703 tomó parte en la gira de los maestri di cappella, organizada por la Compagnia dei Musicisti. Fue elegido guardián de la compañía en septiembre de 1706, 1707, 1712 y 1715, sirviendo durante un año cada vez. En 1708 escribió una "Introduzione all'oratorio della Passione di Nostro Signor Gesù Cristo", del cardenal Pietro Ottoboni, realizada en Roma, en el palacio de la Cancillería durante la Semana Santa y repuesta en la iglesia de San Filippo Neri en Forlì el 26 de de mayo de 1725.

En 1715 Bencini compuso una cantata para ser interpretada en el Palacio Apostólico la noche de Navidad del año 1715. El 9 de septiembre del año siguiente fue uno de los 'Guardiani della Congregazione dei Musici in Roma'. Muy estimado por la emperatriz Elisabetta Cristina, compuso dos cantatas en honor de su protectora sobre texto del arcadio Silvio Stampiglia, ejecutadas respectivamente, en 1720 y 1721. A partir del frontispicio del oratorio "S. Andrea Corsini", al que puso música sobre un texto del abate G. Bonaccorsi, se sabe que en 1722 era maestro di cappella de la Chiesa Nuova en Roma.

En enero de 1727 sucedió a G. O. Pitoni como maestro di cappella de San Lorenzo in Damaso. Introducido en el ambiente eclesiástico del Vaticano, Bencini llevó a cabo hasta su muerte varias actividades, entre ellas la de dirigir y componer música para las ceremonias religiosas. El 9 de julio de 1729, con motivo de la canonización del Beato Fedele da Sigmaringen, dirigió la música para un triduo (celebración religiosa de 3 días) en la iglesia de la Santísima Concepción de los padres capuchinos. No hay más información de sus actividades hasta el 10 de marzo de 1743 cuando, por sus logros artísticos, fue contratado como maestro di cappella en la Cappella Giulia en el Vaticano, vacante por la muerte de Pitoni ocurrida el 1 de febrero; desempeñó este codiciado cargo hasta la muerte. Seis años después de la designación Bencini cayó enfermo y fue ayudado primero por Niccolò Jommelli (20 de abril de 1749), que renunció en mayo de 1754, después por el romano Giovanni Costanzi (3 de junio de 1754), que se convirtió en su sucesor y titular apenas un día después de la muerte de Bencini.

Autor prolífico, Bencini dejó numerosas composiciones manuscritas conservadas en las bibliotecas más importantes en Europa. Pero la mayor parte de su producción se encuentra en la Biblioteca Apostólica del Vaticano, el Archivo de la Capilla Giulia y la Capilla Sixtina. Aunque muchas de estas composiciones son sin fecha, se remontan a los años de su estancia en el servicio de la Capilla Giulia y luego todas escritas desde 1643 en adelante, cuando la actividad del Bencini era exclusivamente dedicada a la música de la iglesia. Diversamente juzgado por los críticos, Bencini fue, sin duda, un músico excepcional y mientras sus misas parecían pobres y muy por debajo de los grandes modelos del pasado, los salmos y los himnos eran admirados por su originalidad y la configuración melódica y armónica. Su mejor vena se reveló especialmente en los salmos para dos coros, obras que muestran en gran medida la influencia de la escuela de Pitoni, mientras que un aspecto más personal se encuentra en los Salmos para solistas y coro, como un "Beati omnes" para contralto y un "Lauda Jerusalem" para soprano con coro a 4 voces. Es especialmente en este tipo de composiciones donde aparece evidente la contribución de la modernidad aportada por Bencini a la renovación de la música religiosa que estaba cristalizándose en formas demasiado rígidas y académicas.

A pesar de sus méritos y el valor incuestionable de sus composiciones, Bencini está ahora casi olvidado. Su "Te Deum" se interpretaba hasta hace unas décadas en San Pedro después de las Vísperas del 1 de agosto, pero totalmente ignoradas son las otras numerosas composiciones. Roncaglia define a Bencini como 'uno de los más tiernos representantes de nuestro mejor siglo XVIII' y su juicio se inspiró en una arieta de cámara, "Tanto sospirerò", en la que 'la música va a la raíz del sentimiento y con su delicado afecto, con su contenido ardor, con su melancólica ternura transforma' la simplicidad del texto en una obra maestra. La música sacra de Bencini, a pesar de su aparente simplicidad, se caracteriza por una elegante vocalización muy apreciada por los cantantes. La inmensa mayoría de su música litúrgica sobrevive en los archivos Vaticanos y parece haber sido escrita antes de su nombramiento en San Pietro. Aunque algunas arias solas, particularmente en los salmos, contienen secciones en el estilo galante, permaneció fiel a los cánones Barrocos. Las pocas composiciones supervivientes con música sobre textos italianos revelan a un compositor lleno de inspiración melódica, aunque parece haber sido más bien tímido para desarrollarlo.