Bautizado como Giovanni Domenico Antonio, tomó el nombre Francesco Maria cuando entró en la orden franciscana como novicio el 25  de noviembre de 1699. Sirvió durante dos meses y medio en la capilla de la basílica de San Francesco, Asís, antes de trasladarse a Città di Castello el 1 de julio de 1704, quizás después de haber hecho sus votos finales. Probablemente tuvo allí deberes musicales, pues un responso suyo para la fiesta de San  Antonio de Padua tiene fecha 20 de septiembre de 1704. Entre el 10 de abril de 1706 y el 10 de febrero de 1707 estuvo en Asís como primer organista de la basílica. Una bula del Papa Clemente XI de 6 de noviembre de 1706 le permitió tomar las órdenes sagradas 13 meses antes de la edad mínima prescrita de 25 años, y se ordenó sacerdote a fines de 1706. En marzo de 1707 se trasladó a Turín, donde estuvo activo  como maestro di cappella de la iglesia de San Francesco hasta septiembre de 1711. Testimonio de sus estudios musicales (de los cuales, sin embargo, se ignora el inicio y los profesores) son tres motetes autógrafos suyos fechados en 1710 en Asís.

El 3 de octubre de 1711 volvió a Asís como maestro di cappella de la basílica de San Francesco, reemplazando a  F. A. Urio. En 1715 fue invitado a componer dos cantatas 'académicas' ("Dialogo della Virtù e della Fama" y "Virtù e Honore") para celebrar la reanudación de las reuniones de la Accademia degli Eccitati después de 15 años. Durante este periodo sus compromisos monásticos aumentaron: se hizo miembro del Concilio de Padres y se le concedió una licencia para oír las confesiones de los laicos. El 10 de junio de 1715 obtuvo un permiso especial para entrar en la orden franciscana. Un mes después su nombramiento como maestro di cappella le fue confirmado, con otras concesiones, con el fin de hacerlo participar cada vez más en el servicio del santuario.

Edición discográfica con obras de Francesco Maria Benedetti

El 30 de abril de 1716 dejó Asis para asumir en San Francesco, Turín, donde se quedó, probablemente con los mismos deberes de maestro di cappella, hasta 1721 o 1722. Composiciones que datan de 1722 a 1727 sugieren que haya ido a la Catedral de Aosta, de nuevo como maestro di cappella. Su firma en el Registro de Misas  del 19 de julio de 1727 muestra que había vuelto a Asís por esta fecha y había reemplazado a F. M. Zuccari. Continuó en su oficio hasta el 22 de diciembre de 1734, cuando codiciaba la dirección de la capilla de la catedral de Urbino, y fue elegido por unanimidad de votos con una remuneración de 70 escudos romanos. Sin embargo, el capítulo de San Francesco no le permitió asumir el puesto ya que un decreto de 1703 prohibía a los frailes asumir cargos fuera de la orden y Benedetti tuvo que renunciar a él el 13 de de junio de 1735, presentando un memorial del organista B. Balami, elegido en su lugar con sólo 40 escudos. Benedetti regresó a Asis, donde combinó exitosamente los deberes religiosos y las tareas musicales. Fue un compositor prolífico, enérgico organizador de música para las fiestas más importantes del año, y como maestro era muy estimado por el Padre Martini. En 1740 todavía era maestro di cappella de la basílica de Asís, como se desprende de la fecha puesta en el manuscrito "Matutino per la Pentecoste a 4 di Fra F. M. Benedetti d'Assisi Min. Con.le M.ro di Capp. Della Sacra Basilica", conservado en la Biblioteca Comunal de Asís. Un año más tarde (12 de julio de 1741) le fue concedido a Benedetti un permiso para construir a su costa y para vivir hasta su muerte, un apartamento en el convento de San Francesco, casi una prueba de la estimación que disfrutaba; en el futuro este pasó a sus sucesores.

En 1744 en Città di Castello se le confirió el título de ‘Discreto perpetuo', porque ‘durante 24 años seguidos ha actuado como maestro de música en la capilla santa de Asís y en varias catedrales de Piamonte, tiempo durante el cual compuso muchas obras musicales con gran aclamación de aquéllos que las oyeron'. En la página de título de un "Magnificat" compuesto en Aosta en 1725 una mano desconocida lo describe como ‘competente y brillante'. El interés por su música continuó después de su muerte: el Padre Martini pidió partituras de dos de sus "Compiete" y de ‘”Mute di psalmi pieni a 8”; y una de sus misas de réquiem se cantó hasta mediados del siglo XIX.

La producción musical de Benedetti, casi completamente sagrada, proporciona un ejemplo interesante del estilo contrapuntístico del barroco italiano tardío. Sus obras, más de 270, incluyen motetes, cantatas sacras y 'académicas', misas, oficios para maitines y completas, colecciones de salmos para un año entero, salmos y antífonas solas, oratorios, pasiones, lamentaciones, responsos para órgano y sonatas para cuerdas y continuo. Teórico de la música y prolífico compositor muy apreciado por sus contemporáneos, en su numerosa música, sobre todo de género sacro y religioso, Benedetti se manifiesta siempre lleno de interioridad incontestable, de una fantasía brillante, de una frescura sana y compuesta.

Fue uno de los más modestos y más fuertes maestros de comienzos del siglo XVIII. Su nombre también está vinculado con algunos tratados musicales conservados en la Biblioteca del Liceo Musical de Bolonia: "Regole per sonare sulla parte del Basso del p. F.M.BenedettiM.C. e M. di Capp." (1737,  autógrafo), "Regole per sonare sulla parte del Basso... ecc." y "Regole per sonare cadenze" (este ultimo atribuido a Benedetti dal Gaspari). Numerosas composiciones sacras de Benedetti figuran en el Archivo de la Capilla de Loreto, en la biblioteca del abate Fortunato Santini (Münster, Santini-Bibliothek im Bistumsarchiv), mientras que casi todos los oratorios, motetes y cantatas morales, en su mayoría autógrafos y fechados entre 1710 y 1738, se encuentran en la biblioteca Comunal de Asís. Entre las obras allí conservadas merecen mención especial el "Oratorio sopra la Passione di N.S. Giesù Christo a 4 con violini" (1718), los "Salmi a 8 pieni per tutto l'anno", las "Cantate e arie [profane] a voce sola e a 2 voci con B(asso) C(ontinuo)", cuatro "Messe da morto a 4 voci" y las "Sonate da organo capricciose..." (1721), una colección de 20 sonatas, de las cuales cuatro son con flauta.