Más tarde se trasladó a Roma, donde permaneció desde 1687 hasta 1690, continuando en esta ciudad los estudios de música e iniciando la actividad de cantor eclesiástico, primero en San Luigi dei Francesi, con A. Melani, maestro di cappella de esa iglesia desde 1672, a continuación en la iglesia de San Agustín con el padre A. Masini, conquistando en poco tiempo una gran fama.

Frontispicio de "Regole facilissime per apprendere con facilità, e prestezza il Canto fermo e figurato" de Angelo Michele Bertalotti

De vuelta en Bolonia, Bertalotti se dedicó a lo que habría sido la principal ocupación de toda su vida, que es la enseñanza del canto y la formación de los estudiantes. En 1693 fue nombrado profesor de canto en las Escuelas Pías de Bolonia; después también instruyó a los seminaristas. La dedicación demostrada en la enseñanza, la originalidad y el espíritu innovador de su método didáctico, la sensibilidad estética combinada con un profundo conocimiento de la tecnología, finalmente la fama ganada, con la publicación de su primera obra (1698), no sólo en el ambiente musical de su ciudad, sino entre los principales teóricos de la época, fueron todos factores que se combinaron para hacer que se lo reconociera como uno de los mejores maestros. El 22 de de marzo de 1703 como un alto reconocimiento de su calidad, la Academia Filarmónica de Bolonia le nombró su socio. Dos años más tarde, en enero de 1705, Bertalotti entraba a formar parte, como bajo, del coro de la catedral de San Petronio, conservando este puesto hasta su muerte. A partir de este momento no existen más noticias sobre su vida.

La producción de Bertalotti no es en verdad abundante: debe su fama de teórico a dos obras que fueron reimpresas, casi sin interrupción, durante dos siglos en Italia y en el extranjero. La primera, publicada en Bolonia en 1698 por M. Silvani, titulada "Regole facilissime per apprendere con facilità, e prestezza li canti fermo e figurato dati alle stampe per comodo delli putti delle Scuole Pie di Bologna", aunque sin nombre del autor ni dedicatoria, con seguridad se puede atribuir a Bertalotti en base a las ediciones posteriores. Este tratado indicaba, en términos muy simples, las reglas más importantes del canto llano y figurado: breves enseñanzas sobre las claves, sobre el orden grave y agudo, sobre el número y las características de las notas, sobre las pausas, las mutaciones, el modo auténtico y plagal, que Bertalotti, en el prefacio a la edición de 1706, decía que se había preocupado de recolectar 'todo con el mayor cuidado posible', añadiendo que si el lector se sorprendía por el estilo poco elevado de la exposición, no debe extrañarse 'pues digo que debe servir a jóvenes principiantes'.

Que este trabajo tuvo en cambio un valor que trascendió lejos la modesta intención del autor se evidencia por el gran número de ediciones que siguieron. Pocos años después, en 1706, fue el propio Bertalotti que, poniendo su nombre esta vez en la portada del texto, se hizo cargo de una reedición totalmente transformada en la que, mientras que la parte sobre el canto llano, que consideraba más necesaria para el beneficio de los discípulos, era acompañada de un mayor número de preceptos, la del canto figurado se omitió por completo e, inexplicablemente, ya no debía ser incluida en ninguna de las ediciones posteriores. El título de la edición de 1706, publicada también en Bolonia por M. Silvani, es "Regole utilissime per apprendere con fondamento e facilità il canto fermo…, dedicato all'Eminentiss. e Reverendiss. Signor Cardinale G. Boncompagni Arcivescovo di Bologna…, da A. M. B… Musico della perinsigne Collegiata… et Accademico o Filarmonico".

Casi cuarenta años después de su primera obra Bertalotti publicó la segunda y última, a la que debe sobre todo la vitalidad de su fama: "Solfeggi a canto e alto dati alle stampe per comodo delli putti delle Scuole Pie - dedicati agli illustrissimi signori governatori di detta opera da A. Bertalotti decano della perinsigne Collegiata…", (Bolonia, L. dalla Volpe). La dedicatoria, fechada en Bolonia el 3 de junio de 1744, nos proporciona datos interesantes sobre el espíritu con el que se dispuso a publicarla: "... sabiendo que era una cosa por así decirlo imposible escribir lecciones, y hacer cantar a un gran número de alumnos en el poco tiempo de una hora como es la obligación: puesto que ahora estoy en la edad decadente, he pensado en dejar a mi posteridad la práctica de los siguientes 50 Solfeos de modo que entre las reglas que he dado a la imprenta desde 1706 para los principiantes, y éstos para cuando se hayan encaminado, puedan eximir al Maestro del esfuerzo de escribirlos... ".