Dedicado al violín desde muy joven, pronto llegó a un excepcional dominio del instrumento, por lo que la fama de su talento se extendió más allá de los límites de su ciudad.
Parece que tuvo gran éxito en Viena en 1623; un año más tarde tuvo que iniciar su actividad en la corte: una Resolución de 17 de julio de 1666 muestra que había estado al servicio de la Casa de Austria cuarenta y dos años. El 1 de abril de 1637 entró definitivamente como instrumentista (un "valoroso nel violino") en la Hofkapelle de Viena; en 1641, parece haber sido nombrado vice Kapellmeister imperial, sucediendo a P. Verdina. El 1 de octubre de 1649 fue llamado para suceder a Giovanni Valentini en el cargo de Kapellmeister de la corte, con un sueldo de 1.200 florines. En ese papel contribuyó a una inmensa cantidad de música sacra así como brillantes sonatas instrumentales; también gestionó para establecer un floreciente escenario de ópera en la Corte Imperial. Además trabajó para la corte episcopal de Kremsier en Moravia, en cuyo archivo de música aún se conserva un gran número de obras instrumentales suyas.

Corresponde indudablemente a este período su más importante actividad de compositor de la corte, tanto es así, que en 1652 el emperador, para demostrarle su estimación, lo envió para una misión a Dresden. El favor que disfrutaba en la corte fue constante y duradero y le permitió dominar el teatro vienés hasta su muerte en Viena el 1 de abril de 1669. Compositor versátil y prolífico, Bertali se dedicó al género secular y al religioso, pero su fama se debe principalmente a la creación de aquel género espectacular de obras de corte que alcanzará su clímax con Marc'Antonio Cesti y Antonio Draghi. Su producción fue muy copiosa: unas seiscientas obras, en gran parte perdidas, en su mayoría cantatas, oratorios, composiciones religiosas e instrumentales, así como numerosas obras dramáticas compuestas y ejecutadas para la corte austriaca. En la Distinta Spezificatione dell'Archivio Musicale per il servicio della Cappella e Camera… di Leopoldo I se incluye mucha música sacra para las diversas celebraciones litúrgicas, además de once sonatas con trompetas solemnes, doce sonatas de cámara para 3, 5 y 8 voces, 40 composiciones morales y espirituales de cámara para voz sola (y para más voces, hasta 6) con diferentes instrumentos y 134 "Composizioni amorose a 1-8 voci". Entre las composiciones de celebración son de recordar el melodrama "Le allegrezze del mondo" (libreto de P. Bonarelli, Viena, Teatro de la Corte, 21 de enero de 1631.) para el matrimonio de Fernando II con María Ana , infanta de España; la "Missa Ratisbonensis" para la dieta de Regensburg de 1636; un "Requiem per la morte di Ferdinando II"; "Theti", fábula dramática sobre libreto de D. Gabrielli, representada en el Teatro ducal de Mantua en el carnaval de 1652, con motivo de una visita de los archiduques de Austria Ferdinando Carlo, su esposa Anna Maria y Segismondo Francesco. En 1653, cuando Ferdinando III viajó a Regensburg para la Dieta Imperial con un séquito de sesenta músicos, fue confiado a Bertali el encargo de componer una ópera: el 20 de febrero se representó "L'inganno d'amore", sobre libreto de B. Ferrari.

Edición discográfica de "Sonatas" de Antonio Bertali

Con esta ópera se puede decir que habría comenzado la edad de oro de la ópera vienesa, que bajo Leopoldo I alcanzará su cúspide. La ópera italiana, predilecta del emperador, dominará por largo tiempo el teatro austriaco y estará integrado por obras de gran originalidad en contraste con los cánones relacionados al ceremonial de la corte. Había en este período dos tendencias, una conservadora representada por Bertali y por el español F. Sances, la otra avanzada e innovadora que en Antonio Cesti tendrá su mayor exponente. Significativas, en este sentido, fueron las siguientes óperas de Bertali sobre libretos de A. Amalteo: "Il Re Gelidoro" (Viena, Teatro de la Corte, 9 de febrero de 1659), "Gli amori di Apollo con Clizia", 'fiesta teatral' (idem. 9 de junio de 1660), "Il Ciro crescente" (también "Il Ciro riconoscente"), tres interludios para "Il pastor fido" y para sus ballets (Laxenburg, teatro de la corte, 9 de junio de 1661), "Pazzo Amor", opereta para el nacimiento de la emperatriz Eleonora (Viena, Teatro de la corte, 18 de noviembre de 1664), "L'Alcindo" (libreto y prólogo de A. Draghi, idem, carnaval de 1665) y "Cibele e Ati", intermezzo para la boda de Leopoldo I (idem, diciembre de 1666 ). Incluso en el "Reiterballett", una forma particular de espectáculo entonces en boga en Viena, derivado de la fusión de la pompa escénica teatral con las reminiscencias de los 'torneamenti a cavallo' de siglos anteriores, Bertali dejó una considerable impronta con "La contesa dei numi" ovvero "La contesa dell'aria e dell'acqua", una 'festa teatrale a cavallo' sobre un texto de F. Sbarra, para la cual él compuso la música de las partes vocales y Johann Heinrich Schmelzer la de los ballets.

El espectáculo, realizado en el Teatro de la Corte el 24 de enero de 1667 y luego repetido el 31 del mismo mes para el matrimonio de Leopoldo I con Margarita Teresa de España, fue grandioso por la participación de numerosos artistas y por el uso de más de un centenar de instrumentos de cuerda, trompetas, percusión e instrumentos de viento. En el campo del oratorio en italiano, destinado a la capilla y a la corte y denominado 'oratorio para el santo sepulcro', para distinguirlo de la 'representaión sacra' iniciada en 1700, Bertali compuso "Maria Maddalena" (texto de A . Draghi, 1663), "Oratorio sacro" (sin título, 1663) y "La strage degli Innocenti" (para 5 voces con sinfonías, 1665), oratorio del cual Schering hacía notar el robusto diseño armónico y la fuerza de los 'a solo', además de la vigorosa expresión dramática. Variada e interesante, pero por desgracia perdida en gran parte, la producción religiosa de Bertali, que influyó negativamente en la formación de un estilo típico alemán.

Pero quizás el aspecto más personal del arte de Bertali está en la producción instrumental, tanto así que Johannes Beer en su Musikalischen Diskursen (Nuremberg, 1719) lo elogió como uno de los compositores más importantes de su tiempo. Particular relieve asume la 'canzone': muy adornado con el uso de instrumentos de viento, a menudo revela una clara tendencia a la 'sonata a trío', con frecuencia para dos violines y trompetas. El estilo instrumental de sus sonatas es refinado y evolucionado. Entre todas las sonatas, la " Sonata a 6 per 2 violini, viola da braccio, 2 viole tenore e organo (o viola da gamba)" de 1663 refleja un evidente deseo de innovaciones técnicas.

Aproximadamente la mitad de su producción está ahora perdida; sobreviven copias hechas por el contemporáneo de Bertali, Pavel Josef Vejvanovský, algunas de las piezas están actualmente en posesión de la Hofbibliothek de Viena, la biblioteca de la Abadía de Kremsmünster y el archivo de Kromerí. La fuente más importante para las obras de Bertali es, sin embargo, el catálogo Viennese Distinta Specificatione, que enlista a varios compositores de la corte de Habsburgo y proporciona títulos y partituras de más de 2000 composiciones.

El teórico y compositor Christoph Bernhard lo menciona como un primer ejemplo del estilo exuberante, o "estilo teatral." Es uno de los primeros compositores  del siglo XVII y disfrutó fama considerable en varios países, sobre todo por sus óperas y ballets. Sus contemporáneos lo alineaban entre compositores tan eminentes como Giacomo Carissimi, Claudio Monteverdi, y Heinrich Schütz. Como ellos, cayó en el olvido poco después de 1700; a diferencia de las obras de aquellos, sin embargo,  sus principales obras no se han repuesto hasta el día de hoy.