Según el 'Etat actuel de la Musique du Roi' (1773) habría viajado a Italia, donde estudió después con Antonio Caldara en Roma. En 1692 Bernier estaba viviendo en la rue Tiquetonne en París y estaba enseñando clavicordio. El 20 de noviembre de 1693 no logró ganar el puesto de maître de musique de la Catedral de Rouen en competencia con Jean-François Lalouette.

Fue nombrado cabeza de la maîtrise de la Catedral de Chartres el  17 de septiembre de 1694 y permaneció allí hasta el 18 de marzo de 1698, cuando obtuvo un puesto similar en St Germain-l'Auxerrois, París. Un "Te Deum" interpretado ante el rey en Fontainebleau el 24 de octubre de 1700 tuvo mucho éxito, y se cantó de nuevo en varias iglesias parisienses en 1701 y 1704.

Edición discográfica de obras de Nicolas Bernier

El 5 de abril de 1704 sucedió a Marc-Antoine Charpentier como maître de musique de la Sainte-Chapelle, renunciando a este cargo el 18 de septiembre de 1726 en favor de su amigo François de La Croix. Había recibido el patrocinio de Philippe, Duque de Orléans, para que mantuviera el puesto después de su matrimonio con Marie-Catherine Marais el 20 de junio de 1712, pues las reglas de la Sainte-Chapelle exigían que su maître de musique fuera ‘un célibe en vestido clerical'. A pesar de la afirmación de Le Cerf de La Viéville, Bernier no era un abad, sino sólo un acólito autorizado para llevar el cuello clerical. En 1715 tomó parte en el divertissement organizado por la Duquesa de Maine en su château de Sceaux.

En enero de 1723, a pedido del regente, Michel-Richard de Lalande dejó tres de sus cuatro periodos trimestrales de deberes como sous-maître de musique de la Chapelle Royale. Se repartieron los postes así creados, sin abrir una competencia, entre André Campra, Charles-Hubert Gervais y Bernier, que oficiaron durante el período de los deberes de verano hasta su muerte. En 1726 el puesto de Lalande quedó libre cuando este murió, y fue compartido entre los restantes sous-maîtres, con Bernier encargado de la educación de los pajes de la Chapelle hasta 1733. Fue de hecho famoso como maestro. Escribió un tratado titulado "Principes de composition" y tuvo a Louis-Claude Daquin entre sus alumnos.

Bernier ofreció una solución personal para la unión de los gustos francés e italiano. Logró equilibrio entre los dos estilos en su primer libro de cantatas francesas, un género del que fue uno de los primeros creadores junto con Jean-Baptiste Morin. Recitativos vigorosos y airs da capo, con o sin un motto inicial, siguen libremente uno a otro, mientras la melodía expresiva, con pocos intervalos amplios o largos melismas, está más arraigada en la tradición francesa. "Les nuits de Sceaux" contiene sólo piezas instrumentales de Bernier: danzas y dos oberturas que adoptan la estructura Lullyana pero son italianizados en estilo.

Los 45 petits motets, los 36 grands motets y las 39 cantatas exhiben un rasgo estilístico peculiar de Bernier: la repetición a menudo sistemática de un tema, si o no transportado. Bernier tenía reputación como contrapuntista, y la refinada escritura de fugas corales en "Beatus vir" y "Confitebor tibi Domine" dan testimonio de su habilidad. Dos de sus grands motets fueron cantados varias veces en los  Concert Spirituel desde 1725 en adelante. La mayor parte de su "Principes de composition" está consagrado al contrapunto de dos partes; la obra se parece a los tratados de Nivers y Masson.