Comenzó su carrera cuando en 1648 se hizo cantante en la capilla de la corte de Dresde, donde fue alumno de Heinrich Schütz.Poco después la capilla de la corte visitó la corte danesa en Copenhage, donde conoció al compositor italiano Giovanni Battista Fontana, que estaba encargado de la capilla de la corte en ese tiempo, y Bernhard decidió quedarse un año allí para estudiar con Fontana. Más tarde viajó a Italia, siendo alumno de Giacomo Carissimi, director del Collegium Germanicum en Roma. A su regreso a Dresde en 1655, a sugerencia de Schütz fue designado Vice-Kapellmeister de la corte, y en 1656 fue nuevamente a Italia. En 1663 se trasladó a Hamburgo como Chantre en la Saint Johannisschule, con la responsabilidad de la música de las cuatro iglesias principales de la ciudad, sucediendo a Thomas Selle.

Edición discográfica con una obra de Christoph Bernhard

Trabajó con Matthias Weckmann en los conciertos semanales del Collegium Musicum, y compuso un motete para el entierro de Schütz, a pedido póstumo de aquel. A comienzos de los años setenta del siglo XVII volvió a Dresde a trabajar como educador y profesor de música de los príncipes de la corte y asumió otra vez el cargo de Vice-Kapellmeister. En 1680 fue designado Kapellmeister de la corte, cargo que desempeñó hasta cuatro años antes de su muerte.

Compuso música vocal sacra con textos alemanes y latinos; su colección publicada, “Geistlicher Harmonien” (1665), contiene 20 conciertos sagrados. Bernhard es principalmente importante por sus tratados, sobre todo “Tractatus compositionis augmentatus”, en el que clasifica la música en tres estilos: por la relación de palabras y música, lugar de funcionamiento y los tipos de disonancia usada. Dejó un más pequeño número de canciones seculares. Además él creó un motete de entierro para Johann Rist.

Bernhard es considerado además como un importante autor de tratados de música. En ellos son explicados temas como el contrapunto, aprendizaje de procedimientos, ornamento y aprendizaje de figuras, así como estilística. Son considerados como una reflexión sobre la teoría de la composición de Schütz.